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- PDB-5jq2: Crystal structure of the Ru(bpy)2PhenA functionalized P450 BM3 L4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jq2
タイトルCrystal structure of the Ru(bpy)2PhenA functionalized P450 BM3 L407C heme domain mutant in complex with N-palmitoylglycine
要素P450 BM3 L407C heme domain mutant
キーワードOXIDOREDUCTASE / hybrid P450 BM3 enzymes / electron transfer / photosensitizer / photocatalytic activity
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-PALMITOYLGLYCINE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-RU8 / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kloos, M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Insights into an efficient light-driven hybrid P450 BM3 enzyme from crystallographic, spectroscopic and biochemical studies.
著者: Spradlin, J. / Lee, D. / Mahadevan, S. / Mahomed, M. / Tang, L. / Lam, Q. / Colbert, A. / Shafaat, O.S. / Goodin, D. / Kloos, M. / Kato, M. / Cheruzel, L.E.
履歴
登録2016年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P450 BM3 L407C heme domain mutant
B: P450 BM3 L407C heme domain mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7838
ポリマ－107,3702
非ポリマー3,4136
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area36800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.880, 112.540, 156.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 P450 BM3 L407C heme domain mutant / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3


分子量: 53685.062 Da / 分子数: 2 / 変異: L407C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A Ru(bpy)2)PhenA was covalently attached to a non-native single cysteine (L407C) mutant of P450 BM3 mutant (post translational modification).
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512
遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / プラスミド: pC-Wori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-140 / N-PALMITOYLGLYCINE / N-HEXADECANOYLGLYCINE / N-パルミトイルグリシン


分子量: 313.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H35NO3
#4: 化合物 ChemComp-RU8 / bis(2,2'-bipyridine-kappa~2~N~1~,N~1'~)[2-iodo-N-(1,10-phenanthrolin-5-yl-kappa~2~N~1~,N~10~)acetamide]ruthenium(2+)


分子量: 776.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H26IN7ORu
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 150 mM MgCl2, 125 mM Na-MOPS, 20% PEG 3350, cryo: 30% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.54 Å / Num. obs: 83423 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 31.496 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 10.47
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-21.1041.4199.5
2-2.10.7842.05199.4
2.1-2.30.5023.39199.6
2.3-2.50.315.27199.5
2.5-2.70.227.21199.5
2.7-2.90.1569.94199.5
2.9-3.10.11713.06199.4
3.1-3.30.08416.55199
3.3-3.50.06621.02199.3
3.5-40.04827.72198.5
4-60.03533.99197.9
6-100.02939.24196.7
10-47.540.02152.8193.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å45.67 Å
Translation3.5 Å45.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
XSCALEv.Oct-2015データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSv.Oct-2015データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NPL

3npl


解像度: 2→47.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.784 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.1691 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.153
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 3581 5 %RANDOM
Rwork0.1742 ---
obs0.1764 68037 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.06 Å2 / Biso mean: 29.25 Å2 / Biso min: 8.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å2-0 Å20 Å2
2--1.07 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7367 0 216 491 8074
Biso mean--24.96 33.67 -
残基数----916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0197798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8172.00510590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.039317112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6335916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89124.825371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.034151361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4331541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2312.7343667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2292.7333666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3524.0874582
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 261 -
Rwork0.273 4953 -
all-5214 -
obs--99.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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