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- PDB-4dub: cytochrome P450 BM3h-9D7 MRI sensor bound to dopamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dub
タイトルcytochrome P450 BM3h-9D7 MRI sensor bound to dopamine
要素cytochrome P450 BM3 variant 9D7
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / MRI contrast sensor / directed evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / L-DOPAMINE / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Brustad, E.M. / Lelyveld, V.S. / Snow, C.D. / Crook, N. / Martinez, F.M. / Scholl, T.J. / Jasanoff, A. / Arnold, F.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure-guided directed evolution of highly selective p450-based magnetic resonance imaging sensors for dopamine and serotonin.
著者: Brustad, E.M. / Lelyveld, V.S. / Snow, C.D. / Crook, N. / Jung, S.T. / Martinez, F.M. / Scholl, T.J. / Jasanoff, A. / Arnold, F.H.
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytochrome P450 BM3 variant 9D7
B: cytochrome P450 BM3 variant 9D7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5006
ポリマ－107,9612
非ポリマー1,5394
水13,169731
1
A: cytochrome P450 BM3 variant 9D7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7503
ポリマ－53,9801
非ポリマー7702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: cytochrome P450 BM3 variant 9D7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7503
ポリマ－53,9801
非ポリマー7702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.912, 153.578, 61.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 cytochrome P450 BM3 variant 9D7 / Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Cytochrome ...Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Cytochrome P450 102 / NADPH--cytochrome P450 reductase


分子量: 53980.441 Da / 分子数: 2 / 断片: heme domain, residues 1-465 / 変異: I263A, T268S, A328G, T438V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: CYP102A1, cyp102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-LDP / L-DOPAMINE / DOPAMINE / 2-(4-ヒドロキシ-5-オキシラトフェニル)-1-エタンアミニウム


分子量: 153.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium cacadylate, pH 5.5, 0.14 M Ca(Ac)2, 14 % PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月3日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→39.143 Å / Num. all: 115485 / Num. obs: 115485 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.793.50.6631.259230168870.66397.9
1.79-1.93.40.374254039159470.37497.7
1.9-2.033.60.2113.653776151070.21198.5
2.03-2.193.50.1236.148143139240.12397.5
2.19-2.43.50.0789.444165127760.07897.5
2.4-2.693.50.05712.141071117100.05798.1
2.69-3.13.40.04215.434282101410.04296.7
3.1-3.83.50.032193009086480.03297.6
3.8-5.383.40.02821.22268566550.02896.7
5.38-39.1433.40.02322.11269936900.02396.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XSCALEデータスケーリング
MOLREP(ccp4 6.1)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IJ2

2ij2


解像度: 1.7→38.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.1 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2036 5822 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.166 115433 --
obs0.166 115433 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.71 Å2 / Biso mean: 22.4201 Å2 / Biso min: 8.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å21.16 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3---2.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7293 0 108 731 8132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0227626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0942.00510348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5625922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35924.863366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.684151339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6061539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3681.54584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13927393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.42533042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2034.52951
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 423 -
Rwork0.335 8104 -
all-8527 -
obs--97.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.577-0.3339-0.17651.4637-0.1040.26390.0626-0.0264-0.0459-0.0003-0.02720.1237-0.0370.0481-0.03550.03530.0021-0.0120.0251-0.01930.02779.569224.989120.682
20.8715-0.0845-0.24430.51610.1020.3061-0.03560.0762-0.0148-0.02340.01160.01420.0164-0.01450.02410.0282-0.0046-0.00220.04170.02070.015421.6472-24.512112.3149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 457
2X-RAY DIFFRACTION1A500 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1A601 - 946
4X-RAY DIFFRACTION2B2 - 457
5X-RAY DIFFRACTION2B500 - 501
6X-RAY DIFFRACTION2B601 - 985

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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