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- PDB-5usf: Leishmania donovani tyrosyl-tRNA synthetase in complex with nanob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5usf
タイトルLeishmania donovani tyrosyl-tRNA synthetase in complex with nanobody and inhibitor
要素
  • Immunoglobulin heavy chain variable region
  • Tyrosyl-tRNA synthetase, putative
キーワードligase/ligase inhibitor / synthetase / ligase / tyrosine / inhibitor / Ligase-Ligase Inhibitor complex / tyrosyl-adenylate analog
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich ...: / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-[N-(L-TYROSYL)SULFAMOYL]ADENOSINE / tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Barros-Alvarez, X. / Hol, W.G.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI084004 and RO1 AI097177 米国
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: Leishmania donovani tyrosyl-tRNA synthetase structure in complex with a tyrosyl adenylate analog and comparisons with human and protozoan counterparts.
著者: Barros-Alvarez, X. / Kerchner, K.M. / Koh, C.Y. / Turley, S. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Ranade, R.M. / Gillespie, J.R. / Zhang, Z. / Verlinde, C.L.M.J. / Fan, E. / Buckner, F.S. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2017年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase, putative
B: Tyrosyl-tRNA synthetase, putative
C: Immunoglobulin heavy chain variable region
D: Immunoglobulin heavy chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,1236
ポリマ－179,1044
非ポリマー1,0192
水6,359353
1
A: Tyrosyl-tRNA synthetase, putative
D: Immunoglobulin heavy chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0623
ポリマ－89,5522
非ポリマー5091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area33270 Å2
手法PISA
2
B: Tyrosyl-tRNA synthetase, putative
C: Immunoglobulin heavy chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0623
ポリマ－89,5522
非ポリマー5091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area32950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.180, 96.180, 351.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLYSLYSAA-1 - 6803 - 684
21GLYGLYLYSLYSBB-1 - 6803 - 684
12GLNGLNSERSERCC1 - 1171 - 117
22GLNGLNSERSERDD1 - 1171 - 117

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-tRNA synthetase, putative


分子量: 75341.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (strain BPK282A1) (ドノバンリーシュマニア)
株: BPK282A1 / 遺伝子: LDBPK_141460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9BC28
#2: 抗体 Immunoglobulin heavy chain variable region


分子量: 14210.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-YSA / 5'-O-[N-(L-TYROSYL)SULFAMOYL]ADENOSINE / TYROSYLADENYLATE / 5′-O-(L-Tyr-アミノスルホニル)アデノシン


分子量: 509.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O8S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 5.7, 22% PEG 4,000, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月27日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→83.29 Å / Num. obs: 47547 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 8.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimlessデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P0J

3p0j


解像度: 2.75→83.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.361 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24353 2311 4.9 %RANDOM
Rwork0.18886 ---
obs0.19144 45156 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.11 Å2-0 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→83.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12283 0 70 353 12706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01912576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0212099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9617044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.75327800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66651595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84924.307548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.213152161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1691586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6766.4196397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6766.4196398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.819.6257985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8099.6247986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8696.6776179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8686.6776180
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3089.8539060
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.33849.32113861
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.33849.32113862
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A793000.11
12B793000.11
21C136940.06
22D136940.06
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 141 -
Rwork0.298 3350 -
obs--99.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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