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- PDB-7e1r: Crystal structure of Dehydrogenase/isomerase FabX from Helicobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e1r
タイトルCrystal structure of Dehydrogenase/isomerase FabX from Helicobacter pylori in complex with holo-ACP
要素
  • 2-nitropropane dioxygenase
  • Acyl carrier protein,Acyl carrier protein
キーワードFLAVOPROTEIN / Unsaturated fatty acid biosynthesis / FMN / 4Fe-4S cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


Kdo2-lipid A biosynthetic process / nitronate monooxygenase activity / dioxygenase activity / phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nitronate monooxygenase / Nitronate monooxygenase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. ...Nitronate monooxygenase / Nitronate monooxygenase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-PN7 / IRON/SULFUR CLUSTER / Acyl carrier protein / 2-nitropropane dioxygenase / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.795 Å
データ登録者Zhou, J.S. / Zhang, L. / Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077081 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Helicobacter pylori FabX contains a [4Fe-4S] cluster essential for unsaturated fatty acid synthesis.
著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Zeng, L. / Yu, L. / Duan, Y. / Shen, S. / Hu, J. / Zhang, P. / Song, W. / Ruan, X. / Jiang, J. / Zhang, Y. / Zhou, L. / Jia, J. / Hang, X. / Tian, C. / Lin, H. / Chen, ...著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Zeng, L. / Yu, L. / Duan, Y. / Shen, S. / Hu, J. / Zhang, P. / Song, W. / Ruan, X. / Jiang, J. / Zhang, Y. / Zhou, L. / Jia, J. / Hang, X. / Tian, C. / Lin, H. / Chen, H.Z. / Cronan, J.E. / Bi, H. / Zhang, L.
履歴
登録2021年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-nitropropane dioxygenase
B: Acyl carrier protein,Acyl carrier protein
C: 2-nitropropane dioxygenase
D: Acyl carrier protein,Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,80210
ポリマ－100,4704
非ポリマー2,3336
水79344
1
A: 2-nitropropane dioxygenase
B: Acyl carrier protein,Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4015
ポリマ－50,2352
非ポリマー1,1663
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 2-nitropropane dioxygenase
D: Acyl carrier protein,Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4015
ポリマ－50,2352
非ポリマー1,1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.793, 104.443, 99.576
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 2-nitropropane dioxygenase / FabX / Nitronate monooxygenase


分子量: 40871.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: AM497_02530, B0X24_07955, B0X43_08370, BB415_05730, BB461_06560, BV499_05860, BZK23_04525, C2840_03950, C2844_03945, C2S07_02490, DB320_04065, DD749_04060, DD750_03440, DD754_03975, DD776_ ...遺伝子: AM497_02530, B0X24_07955, B0X43_08370, BB415_05730, BB461_06560, BV499_05860, BZK23_04525, C2840_03950, C2844_03945, C2S07_02490, DB320_04065, DD749_04060, DD750_03440, DD754_03975, DD776_04195, DD780_03830, EC524_01920, EC526_01900, EC558_05290, ECB91_05230, ECC12_03705, ECC36_03060, EGW00_07215, HPY1846_07480
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B2E3F3
#2: タンパク質 Acyl carrier protein,Acyl carrier protein / ACP / ACP


分子量: 9363.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of 2 ACP (residues 1-35 and 36-78)
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: acpP, AOD76_0203840, ECC46_04805, acpP, ACM27_07645, AEY52_04040, B0X51_03260, B0X63_05470, BB389_02970, BB399_05955, BB436_06630, BFR58_08310, BGL65_04100, BGL68_01550, C2R80_01075, C2S26_ ...遺伝子: acpP, AOD76_0203840, ECC46_04805, acpP, ACM27_07645, AEY52_04040, B0X51_03260, B0X63_05470, BB389_02970, BB399_05955, BB436_06630, BFR58_08310, BGL65_04100, BGL68_01550, C2R80_01075, C2S26_06440, D2C76_07900, DB320_02975, DD746_02765, DD771_02980, EC538_03680, EC543_05790, EC570_04560, EC596_03965, EC600_01035, ECC09_04825, ECC20_05115, ECC36_06460, HPF20_0453, HPF211_0816, HPF63_0811, HPF94_0692, HPK25_01094, HPMKF3_0586, HPMKM1_0566, HPMKM6_0558, HPY1198_07760, NCTC12823_00687
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0T6M3S8, UniProt: A0A0B2DUK3

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非ポリマー , 4種, 50分子

#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-PN7 / N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide


分子量: 358.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 20% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.795→99.576 Å / Num. obs: 21529 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 2310 / CC1/2: 0.847

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IQL

4iql


解像度: 2.795→48.736 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1104 5.13 %
Rwork0.2063 20425 -
obs0.2082 21529 82.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.65 Å2 / Biso mean: 49.8445 Å2 / Biso min: 9.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.795→48.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6773 0 78 44 6895
Biso mean--28.75 34.83 -
残基数----875
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.795-2.9220.3978830.282145948
2.922-3.0760.31151090.2881192163
3.076-3.26870.29021120.2494231275
3.2687-3.5210.281640.2377266587
3.521-3.87520.24331650.2122298497
3.8752-4.43560.24181490.1901293196
4.4356-5.58710.20381660.17853086100
5.5871-48.7360.20261560.1823306797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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