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- PDB-7dw5: Crystal structure of DUX4 HD1-HD2 domain complexed with ERG sites -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dw5
タイトルCrystal structure of DUX4 HD1-HD2 domain complexed with ERG sites
要素
  • (DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*G)-3')) x 2
  • Double homeobox protein 4-like protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / acute lymphoblastic leukemia / DUX4/IGH / ERGalt / Clamp-like transactivation / DUX4-Responsive-Element / alternative splicing / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix motif / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / DNA / DNA (> 10) / Double homeobox protein 4-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Zhang, H. / Cheng, N. / Li, Z. / Zhang, W. / Dong, X. / Huang, J. / Meng, G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81770142 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81970132 中国
引用ジャーナル: Cancer Commun (Lond) / 年: 2021
タイトル: DNA crosslinking and recombination-activating genes 1/2 (RAG1/2) are required for oncogenic splicing in acute lymphoblastic leukemia.
著者: Zhang, H. / Cheng, N. / Li, Z. / Bai, L. / Fang, C. / Li, Y. / Zhang, W. / Dong, X. / Jiang, M. / Liang, Y. / Zhang, S. / Mi, J. / Zhu, J. / Zhang, Y. / Chen, S.J. / Zhao, Y. / Weng, X.Q. / ...著者: Zhang, H. / Cheng, N. / Li, Z. / Bai, L. / Fang, C. / Li, Y. / Zhang, W. / Dong, X. / Jiang, M. / Liang, Y. / Zhang, S. / Mi, J. / Zhu, J. / Zhang, Y. / Chen, S.J. / Zhao, Y. / Weng, X.Q. / Hu, W. / Chen, Z. / Huang, J. / Meng, G.
履歴
登録2021年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double homeobox protein 4-like protein 2
B: Double homeobox protein 4-like protein 2
E: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8167
ポリマ－60,7376
非ポリマー801
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13850 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area26850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.974, 64.451, 69.432
Angle α, β, γ (deg.)95.82, 92.55, 103.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Double homeobox protein 4-like protein 2


分子量: 17483.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUX4L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CJ85
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 6502.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 6382.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.77 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→41.7 Å / Num. obs: 12265 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.83→2.85 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 453 / CC1/2: 0.644 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A8R

6a8r


解像度: 2.83→41.7 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.83 / 位相誤差: 28.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 559 4.56 %
Rwork0.2228 --
obs0.2237 12254 71.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2184 1722 1 8 3915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8786001
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.3052231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.83-3.11180.4974500.35831453X-RAY DIFFRACTION35
3.1118-3.56180.29421620.26152792X-RAY DIFFRACTION69
3.5618-4.48670.24621680.22953550X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99690.5927-0.07171.7685-0.04851.95280.0553-0.24470.30990.22770.08170.38140.0521-0.26570.09240.3407-0.12790.17480.62290.07350.40922.956612.934350.6061
20.18110.18570.13470.35080.40220.54050.1583-0.2513-0.2105-0.1849-0.29660.4794-0.1075-0.729-0.41970.11050.2023-0.16370.5829-0.06140.3567-2.474621.09736.1173
31.56481.2074-0.57020.996-0.33640.3567-0.0345-0.24530.55960.00240.20090.6617-0.1564-0.2286-0.09410.1580.3134-0.05620.6381-0.01880.4539-2.241727.270145.0794
41.0501-0.0840.44380.44940.20171.4956-0.2068-0.18690.19480.0251-0.1533-0.0525-0.03160.28-0.8656-0.35960.1889-0.33520.32360.0390.08196.346317.771537.9358
54.24471.60891.95752.96920.84440.90870.0325-0.4702-0.11050.5967-0.1794-0.10810.5333-0.0051-0.14760.4712-0.05690.01150.5419-0.030.088610.500310.451424.3317
65.543-2.0202-1.92378.2192-2.83126.02940.24080.1934-0.6448-0.30670.22720.68210.0136-0.5371-0.18930.14710.2359-0.06840.7086-0.05190.37719.63911.08213.0365
78.8137-7.132-6.88086.09255.6725.42650.04220.34650.2342-0.4007-0.18990.779-0.4198-0.54910.12551.56-0.03040.62931.3504-0.21971.45734.84972.62146.8111
80.763-1.27260.37942.1456-0.62020.18120.11610.0209-0.07490.2393-0.06890.0687-0.3273-0.2838-0.21980.6132-0.0699-0.04750.5827-0.17150.795519.5035-10.19641.2857
91.47850.1282-0.6721.62570.32033.545-0.1104-0.25010.24530.52260.0006-0.4781-0.15880.2793-0.32360.48090.0287-0.38610.5081-0.23430.388138.2361-16.02043.6703
101.7948-0.20150.05922.16651.48551.49530.163-0.390.2173-0.14760.1304-0.944-0.40650.55-0.12460.3035-0.0114-0.07060.4289-0.08450.464634.677-7.70254.3896
116.8614-2.96492.06422.0206-0.58211.1436-0.1147-0.1897-0.01190.31460.0489-0.53120.05470.6038-0.04920.747-0.04390.15080.63640.05730.463333.292212.2903-0.161
121.54121.2529-1.64071.4946-2.19873.331-0.03670.42190.3571-0.6689-0.10890.1545-0.7075-0.0842-0.03080.88830.19490.03330.47850.05030.562118.243216.2519-1.6528
131.0250.9841-0.65521.0523-0.79011.2488-0.01020.6108-0.0746-1.12730.08130.0998-0.0636-0.01050.15340.59970.1357-0.02190.7046-0.15410.540916.87076.1835-2.6597
141.9956-0.0357-0.72361.6935-0.16541.6447-0.1201-0.1478-0.3193-0.2528-0.2562-0.4172-0.0570.52350.03930.43240.0415-0.00560.42340.07740.225321.61959.83127.593
151.05810.3553-0.6390.62250.60592.7931-0.09990.41610.1075-0.4572-0.01670.0122-0.34660.2218-0.1150.65310.0965-0.05950.5290.03240.148911.332319.411822.6241
161.11770.63940.8310.49190.59771.02350.18590.1569-0.1857-0.35440.08360.28810.3075-0.137-0.15541.08820.3087-0.28520.67880.1820.68034.260732.657927.4406
171.0315-0.05170.30560.0585-0.11330.25060.0302-0.1699-0.0165-0.0431-0.2039-0.42240.00430.18660.44280.62850.088-0.14170.32420.12690.379611.800835.56846.5376
180.84410.0621-0.37511.0650.27471.2239-0.2559-0.3544-0.12430.20720.1648-0.09580.0491-0.01650.03550.16150.01660.01370.24940.01360.162218.580825.680757.4405
190.72220.39671.01830.7751-0.40163.3625-0.46050.08430.2451-0.6037-0.2423-0.1886-1.30890.413-0.84080.4712-0.15-0.00010.1878-0.00890.566623.629436.440242.5535
201.11650.3424-0.23412.36181.04533.2989-0.0905-0.4798-0.3938-0.2319-0.60.37241.1923-0.2377-1.49850.5358-0.0641-0.01380.27520.18010.56669.77965.405142.6589
211.96790.1921-0.30251.7330.37932.07530.0354-0.2002-0.7991-0.0092-0.2681-0.3570.73040.1989-0.17790.8251-0.18010.20080.19860.0980.84277.4827-4.435740.2618
221.32210.4325-0.020.70370.00850.80970.1215-0.1689-0.1278-0.2145-0.2678-0.1447-0.06120.1035-0.06590.2086-0.07770.070.25510.0020.201616.714718.807142.5153
230.7864-0.6884-0.56431.69171.45971.26190.4027-0.35620.67590.1038-0.49340.107-0.71150.0440.14521.025-0.38010.05310.5288-0.06580.653221.688941.902744.5062
240.0225-0.00190.04160.1613-0.27010.5077-0.0167-0.0993-0.07680.0292-0.0601-0.1263-0.04560.12850.02951.0735-0.5848-0.29680.75670.44761.111132.62848.755248.5101
252.5034-0.0235-1.3353.4044-0.95444.0199-0.0952-0.1683-0.3277-0.10140.0480.8775-0.0827-0.6422-0.03760.9971-0.25590.03440.48260.06810.817617.0277-23.981116.2873
260.8725-0.10580.05531.0533-0.38531.05890.21460.17740.14390.2347-0.3219-0.04710.2588-0.2443-0.07340.33430.0868-0.08870.3184-0.13620.346622.0632-8.04558.9017
272.21461.2413-0.97991.003-0.68121.306-0.1659-0.5212-0.0079-0.708-0.4146-0.7993-0.56730.74360.31250.622-0.19240.11420.6025-0.01070.757932.860513.65112.3559
280.3850.79390.50462.17241.35840.85-0.0889-0.1640.34930.37050.0637-0.6714-0.31420.494-0.01391.3027-0.4703-0.40361.0295-0.34711.227434.833832.695310.2486
297.67561.25593.57732.39162.08373.8647-0.4252-0.11470.50470.224-0.098-0.7769-0.83280.81740.23741.0315-0.41220.00730.74510.01391.035436.200824.956615.0484
300.13570.1274-0.14371.22370.00810.24230.68240.20110.6425-0.5831-0.6595-0.23890.25070.55-0.23910.54750.07290.1460.46790.03480.379331.32758.90488.3692
310.851-0.5833-0.26252.72261.0451.6967-0.2794-0.163-0.63540.1013-0.22440.17690.6918-0.10190.29890.6818-0.03490.12280.4088-0.03560.601920.3833-12.456612.9636
326.37-5.7106-3.12925.32043.00461.73520.00820.0931-0.0241-0.1242-0.0254-0.17860.23170.2553-0.06090.7423-0.21020.22690.60070.08631.196319.7495-32.308112.0379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 45 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 59 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 60 through 77 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 78 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 83 through 87 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 88 through 92 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 93 through 102 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 103 through 115 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 116 through 150 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 20 through 27 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 28 through 38 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 39 through 59 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 60 through 77 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 78 through 87 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 88 through 92 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 93 through 102 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 103 through 150 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 1 through 10 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 11 through 21 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 5 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 6 through 15 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 16 through 20 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 21 through 21 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 1 through 5 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 6 through 10 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 11 through 20 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 21 through 21 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 1 through 5 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 6 through 10 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 11 through 20 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 21 through 21 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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