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- PDB-7dvk: PyrI4 in complex with intermolecular Diels-Alder product -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dvk
タイトルPyrI4 in complex with intermolecular Diels-Alder product
要素Spiro-conjugate synthase
キーワードISOMERASE / Diels-Alderase
機能・相同性Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / 異性化酵素 / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / Chem-HOF / Spiro-conjugate synthase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces rugosporus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kashyap, R. / Addlagatta, A.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)33/2018/MD-FTT&FTC-ANB インド
Science and Engineering Research Board (SERB)EMR/2015/000461 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/006013 インド
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2021
タイトル: Exo-selective intermolecular Diels-Alder reaction by PyrI4 and AbnU on non-natural substrates.
著者: Kashyap, R. / Yerra, N.V. / Oja, J. / Bala, S. / Potuganti, R. / Thota, J.R. / Alla, M. / Pal, D. / Addlagatta, A.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spiro-conjugate synthase
B: Spiro-conjugate synthase
C: Spiro-conjugate synthase
D: Spiro-conjugate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,91512
ポリマ－82,1054
非ポリマー1,8108
水91951
1
A: Spiro-conjugate synthase
B: Spiro-conjugate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9576
ポリマ－41,0522
非ポリマー9054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13960 Å2
手法PISA
2
C: Spiro-conjugate synthase
D: Spiro-conjugate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9576
ポリマ－41,0522
非ポリマー9054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.959, 102.959, 168.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Spiro-conjugate synthase / [4+2] cyclase PyrI4


分子量: 20526.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rugosporus (バクテリア)
遺伝子: pyrI4 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: K7QVW7, 異性化酵素; 分子内リアーゼ; -
#2: 化合物
ChemComp-HOF / methyl 4-[[(1S,6S)-6-(dimethylcarbamoyl)cyclohex-2-en-1-yl]carbamoyloxymethyl]benzoate / 4-[[(1S)-6α-(ジメチルカルバモイル)-2-シクロヘキセン-1β-イル]カルバモイルオキシメチル]安息香酸メ(以下略)


分子量: 360.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 6% Polypropylene glycol P400, 2% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.09 Å / Num. obs: 28638 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.7210.30.3563486534010.9610.1150.3756.198.7
9.01-46.048.90.03372008050.9990.0110.03542.399.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BTU

5btu


解像度: 2.6→46.022 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 10.342 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2716 1405 4.9 %RANDOM
Rwork0.2083 ---
obs0.2114 27155 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.09 Å2 / Biso mean: 40.918 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→46.022 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4840 0 134 51 5025
Biso mean--78.62 31.04 -
残基数----652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6221.6386937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2021.5711085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.035657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.49221.148244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.36815780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2091534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021027
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.668 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 90 -
Rwork0.259 1942 -
all-2032 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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