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Yorodumi- PDB-5btu: The structure of Diels-Alderase PyrI4 in the biosynthetic pathway... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5btu | |||||||||
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Title | The structure of Diels-Alderase PyrI4 in the biosynthetic pathway of pyrroindomycins | |||||||||
Components | PyrI4 | |||||||||
Keywords | LYASE / beta-barrel / Diels-Alderase / pyrroindomycins | |||||||||
Function / homology | Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / Isomerases / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Spiro-conjugate synthase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Streptomyces rugosporus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.503 Å | |||||||||
Authors | Pan, L. / Guo, Y. / Liu, J. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2016 Title: Enzyme-Dependent [4 + 2] Cycloaddition Depends on Lid-like Interaction of the N-Terminal Sequence with the Catalytic Core in PyrI4 Authors: Zheng, Q. / Guo, Y. / Yang, L. / Zhao, Z. / Wu, Z. / Zhang, H. / Liu, J. / Cheng, X. / Wu, J. / Yang, H. / Jiang, H. / Pan, L. / Liu, W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5btu.cif.gz | 186.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5btu.ent.gz | 161.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5btu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/5btu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/5btu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19827.391 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces rugosporus (bacteria) / Gene: pyrI4 / Plasmid: pET28a Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / References: UniProt: K7QVW7 #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: PEG 1000, Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2014 |
Radiation | Monochromator: MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 11339 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 5.42 / Redundancy: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 43.45 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.75 Å / Redundancy: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.969 / Mean I/σ(I) obs: 7.62 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.503→39.161 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 33.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.503→39.161 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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