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Yorodumi- PDB-5bu3: Crystal Structure of Diels-Alderase PyrI4 in complex with its product -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bu3 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Diels-Alderase PyrI4 in complex with its product | |||||||||
Components | PyrI4 | |||||||||
Keywords | LYASE / Diels-Alderase / Complex | |||||||||
Function / homology | Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / Isomerases / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / Chem-4W9 / Spiro-conjugate synthase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Streptomyces rugosporus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.897 Å | |||||||||
Authors | Pan, L. / Guo, Y. / Liu, J. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2016 Title: Enzyme-Dependent [4 + 2] Cycloaddition Depends on Lid-like Interaction of the N-Terminal Sequence with the Catalytic Core in PyrI4 Authors: Zheng, Q. / Guo, Y. / Yang, L. / Zhao, Z. / Wu, Z. / Zhang, H. / Liu, J. / Cheng, X. / Wu, J. / Yang, H. / Jiang, H. / Pan, L. / Liu, W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bu3.cif.gz | 412.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bu3.ent.gz | 345.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bu3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/5bu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/5bu3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5btuSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19499.125 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces rugosporus (bacteria) / Gene: pyrI4 / Plasmid: pET28a Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / References: UniProt: K7QVW7 #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-4W9 / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.4 Details: 0.04M Citric acid, 0.06M Bis-Tris propane pH 6.4, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9785 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 28, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.897→50 Å / Num. obs: 63379 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.25 / Redundancy: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 17.03 |
Reflection shell | Resolution: 1.897→1.93 Å / Redundancy: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.54 / % possible all: 97.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5BTU Resolution: 1.897→39.198 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.897→39.198 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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