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- PDB-7dvc: Crystal structure of the computationally designed reDPBB_sym1 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dvc
タイトルCrystal structure of the computationally designed reDPBB_sym1 protein
要素reDPBB_sym1 protein
キーワードCHAPERONE / Double psi beta barrel
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.705 Å
データ登録者Yagi, S. / Tagami, S. / Padhi, A.K. / Zhang, K.Y.J.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H01328 日本
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Seven Amino Acid Types Suffice to Create the Core Fold of RNA Polymerase.
著者: Yagi, S. / Padhi, A.K. / Vucinic, J. / Barbe, S. / Schiex, T. / Nakagawa, R. / Simoncini, D. / Zhang, K.Y.J. / Tagami, S.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: reDPBB_sym1 protein
C: reDPBB_sym1 protein
E: reDPBB_sym1 protein
F: reDPBB_sym1 protein
B: reDPBB_sym1 protein
D: reDPBB_sym1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,73820
ポリマ－56,1246
非ポリマー61414
水12,899716
1
A: reDPBB_sym1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4604
ポリマ－9,3541
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4740 Å2
手法PISA
2
C: reDPBB_sym1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5195
ポリマ－9,3541
非ポリマー1654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4700 Å2
手法PISA
3
E: reDPBB_sym1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4483
ポリマ－9,3541
非ポリマー942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4650 Å2
手法PISA
4
F: reDPBB_sym1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4132
ポリマ－9,3541
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4700 Å2
手法PISA
5
B: reDPBB_sym1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4483
ポリマ－9,3541
非ポリマー942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4680 Å2
手法PISA
6
D: reDPBB_sym1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4483
ポリマ－9,3541
非ポリマー942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.151, 98.151, 177.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
reDPBB_sym1 protein


分子量: 9353.974 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Sodium acetate pH3.8, 2M NaCl, 400 mM Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 94555 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 28 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Num. unique obs: 14747 / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computationally Designed Mode

解像度: 1.705→47.298 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 16.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1771 1999 2.11 %
Rwork0.1656 92531 -
obs0.1658 94530 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.86 Å2 / Biso mean: 30.9935 Å2 / Biso min: 12.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.705→47.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3908 0 29 716 4653
Biso mean--34.28 44.1 -
残基数----522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.705-1.74720.26951330.2596617395
1.7472-1.79440.22631410.22486540100
1.7944-1.84720.21241430.20186571100
1.8472-1.90680.19241400.18936516100
1.9068-1.9750.18421430.17446569100
1.975-2.0540.18151410.17766570100
2.054-2.14750.19621430.16896564100
2.1475-2.26080.18441420.16826606100
2.2608-2.40240.18081430.16736618100
2.4024-2.58790.1661430.16766637100
2.5879-2.84830.16971440.16226642100
2.8483-3.26030.16551450.15796695100
3.2603-4.10730.15611460.13536779100
4.1073-47.2980.17771520.16737051100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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