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- PDB-7dxu: Crystal structure of the mk2h_deltaP peptide homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dxu
タイトルCrystal structure of the mk2h_deltaP peptide homodimer
要素mk2h_dP protein
キーワードCHAPERONE / Double psi beta barrel
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.314 Å
データ登録者Yagi, S. / Tagami, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H01328 日本
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Seven Amino Acid Types Suffice to Create the Core Fold of RNA Polymerase.
著者: Yagi, S. / Padhi, A.K. / Vucinic, J. / Barbe, S. / Schiex, T. / Nakagawa, R. / Simoncini, D. / Zhang, K.Y.J. / Tagami, S.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Seven amino acid types suffice to reconstruct the core fold of RNA polymerase.
著者: Yagi, S. / Padhi, A.K. / Vucinic, J. / Barbe, S. / Schiex, T. / Nakagawa, R. / Simoncini, D. / Zhang, K.Y.J. / Tagami, S.
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: mk2h_dP protein
A: mk2h_dP protein
C: mk2h_dP protein
D: mk2h_dP protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,62510
ポリマ－21,0494
非ポリマー5766
水1,35175
1
B: mk2h_dP protein
A: mk2h_dP protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8135
ポリマ－10,5242
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area4860 Å2
手法PISA
2
C: mk2h_dP protein
D: mk2h_dP protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8135
ポリマ－10,5242
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area4910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.476, 55.892, 56.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
mk2h_dP protein


分子量: 5262.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2000 mM Ammonium sulfate, 100 mM CAPS/ Sodium hydroxide, pH 10.5, 200 mM Lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 7930 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.42 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 54.21
反射 シェル解像度: 2.3→2.45 Å / Num. unique obs: 1264 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DXR

7dxr


解像度: 2.314→39.191 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 24.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 791 9.99 %
Rwork0.2569 7128 -
obs0.2576 7919 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 65.45 Å2 / Biso mean: 26.9839 Å2 / Biso min: 7.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.314→39.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 0 30 75 1457
Biso mean--29.03 26.98 -
残基数----172
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.314-2.4590.28761240.28931169
2.459-2.64880.2991310.3121156
2.6488-2.91530.28961320.30841178
2.9153-3.3370.22681310.28181165
3.337-4.20340.24941350.22911199
4.2034-39.1910.27461380.21871261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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