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万見
- PDB-7dv6: Discovery of Functionally Selective Transforming Growth Factor be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dv6
タイトルDiscovery of Functionally Selective Transforming Growth Factor beta Type II Receptor (TGF-beta RII) Inhibitors as Anti-Fibrosis Agents
要素TGF-beta receptor type-2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / bronchus morphogenesis / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / miRNA transport ...positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / bronchus morphogenesis / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / miRNA transport / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / type III transforming growth factor beta receptor binding / aorta morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / Langerhans cell differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / cardiac left ventricle morphogenesis / secondary palate development / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / endocardial cushion fusion / positive regulation of T cell tolerance induction / membranous septum morphogenesis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / lung lobe morphogenesis / positive regulation of NK T cell differentiation / activin receptor complex / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor activity, type I / activin receptor activity, type II / BMP receptor activity / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type II / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / myeloid dendritic cell differentiation / transforming growth factor beta receptor activity, type III / activin binding / regulation of stem cell proliferation / type I transforming growth factor beta receptor binding / SMAD protein signal transduction / outflow tract septum morphogenesis / activin receptor signaling pathway / glycosaminoglycan binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of stem cell differentiation / response to cholesterol / embryonic cranial skeleton morphogenesis / transforming growth factor beta binding / kinase activator activity / aortic valve morphogenesis / atrioventricular valve morphogenesis / lens development in camera-type eye / embryonic hemopoiesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / artery morphogenesis / trachea formation / smoothened signaling pathway / branching involved in blood vessel morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / blood vessel development / SMAD binding / heart looping / roof of mouth development / outflow tract morphogenesis / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of SMAD protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / vasculogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Notch signaling pathway / gastrulation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / brain development / cellular response to growth factor stimulus / caveola / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / UCH proteinases / nervous system development / regulation of cell population proliferation / heart development / regulation of gene expression / molecular adaptor activity / in utero embryonic development / receptor complex / nuclear body / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HJF / TGF-beta receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Nishihata, J. / Nomura, A. / Miwa, S. / Doi, S. / Adachi, T.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Selective Transforming Growth Factor beta Type II Receptor Inhibitors as Antifibrosis Agents.
著者: Miwa, S. / Yokota, M. / Ueyama, Y. / Maeda, K. / Ogoshi, Y. / Seki, N. / Ogawa, N. / Nishihata, J. / Nomura, A. / Adachi, T. / Kitao, Y. / Nozawa, K. / Ishikawa, T. / Ukaji, Y. / Shiozaki, M.
履歴
登録2021年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1422
ポリマ－36,7881
非ポリマー3541
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.973, 76.008, 77.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type-2 / TGFR-2 / TGF-beta type II receptor / Transforming growth factor-beta receptor type II / TbetaR-II


分子量: 36787.703 Da / 分子数: 1 / 変異: E431A,R433A,E485A,K488A,R493A,R495A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37173, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-HJF / 5-[(3S)-5,5-dimethyloxolan-3-yl]-6-methoxy-3-(2-methoxypyridin-4-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine


分子量: 354.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12-22% PEG4000,3% Ethylene Glycol,16% glycerol, 160 mM MgCl2, 80 mM TrisHCl at pH 7.5-9.3,The 9.2 mg/mL of TGFbetaRII protein was incubated with 1mM compound at 277K for 1-2 hr
PH範囲: 7.5-9.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→48.53 Å / Num. obs: 15148 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique obs: 1554 / CC1/2: 0.895 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E8V

5e8v


解像度: 2.39→28.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 11.985 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22391 762 5 %RANDOM
Rwork0.15967 ---
obs0.1628 14345 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.599 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.37 Å20 Å20 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3----3.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.39→28.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 0 26 202 2633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0122510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1431.6483413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.8421.1883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45323.15127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.1515432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7381513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1890.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.021911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9113.3481230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4465.0041541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9533.5391280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.90459.09910806
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.452 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 56 -
Rwork0.192 1052 -
obs--99.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.122 Å / Origin y: 6.405 Å / Origin z: 13.723 Å
111213212223313233
T0.0029 Å20.0128 Å20.0018 Å2-0.1259 Å20.0029 Å2--0.0774 Å2
L0.8856 °2-0.0671 °20.1148 °2-1.3554 °20.0734 °2--0.8901 °2
S-0.0005 Å °0.0236 Å °-0.0167 Å °0.0043 Å °-0.0049 Å °0.1497 Å °-0.0408 Å °-0.0476 Å °0.0055 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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