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- PDB-3p24: Structure of profragilysin-3 from Bacteroides fragilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p24
タイトルStructure of profragilysin-3 from Bacteroides fragilis
要素BFT-3
キーワードHYDROLASE / metzincins / Metalloendopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #470 / Fragilysin / Fragilysin, N-terminal / Fragilysin, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of fragilysin / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) ...Lipocalin - #470 / Fragilysin / Fragilysin, N-terminal / Fragilysin, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of fragilysin / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Goulas, T. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure, function and latency regulation of a bacterial enterotoxin potentially derived from a mammalian adamalysin/ADAM xenolog.
著者: Goulas, T. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2010年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BFT-3
B: BFT-3
C: BFT-3
D: BFT-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,11719
ポリマ－177,7884
非ポリマー1,32915
水20,6631147
1
A: BFT-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0678
ポリマ－44,4471
非ポリマー6207
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BFT-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6464
ポリマ－44,4471
非ポリマー2003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: BFT-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5122
ポリマ－44,4471
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: BFT-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8915
ポリマ－44,4471
非ポリマー4444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.740, 69.140, 158.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
BFT-3 / Metalloprotease / Metalloprotease enterotoxin


分子量: 44446.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: ATCC 43858 / 遺伝子: bft-3 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami-2(DE3) / 参照: UniProt: O86049, fragilysin

-
非ポリマー , 5種, 1162分子

#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM sodium citrate dihydrate, 20% PEG 3000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 164503 / Num. obs: 164503 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.156 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20436 781 50 %RANDOM
Rwork0.16971 ---
obs0.16988 163722 98.89 %-
all-164503 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20.05 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11311 0 75 1147 12533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02211715
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9515860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.824319161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.39651437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95224.852575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.341151984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9331552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7921.57117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1811.52900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.463211487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07234598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3314.54362
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 57 -
Rwork0.284 11894 -
obs--97.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7654-0.2675-0.06471.470.42372.3360.01670.0033-0.24770.0489-0.0091-0.18190.28850.3297-0.00750.07450.0374-0.00290.0710.01450.160136.0047-3.41539.0304
21.2130.4346-0.09521.4212-0.12211.6543-0.0001-0.0882-0.00960.0792-0.02880.06430.00320.00190.02890.025-0.01150.00080.01340.00470.040623.33434.58255.7576
32.4332-0.77370.01161.70490.01681.8022-0.00330.27860.3047-0.1285-0.0404-0.0549-0.3034-0.15510.04370.12080.0426-0.02420.12110.02740.091513.192720.56524.1773
42.3269-0.1550.15661.95560.63592.49820.0550.3626-0.1126-0.3036-0.1095-0.0079-0.0905-0.06260.05450.14420.03480.0040.2459-0.04190.033315.74344.17649.3146
51.96620.498-0.16521.8071-0.08251.8705-0.0656-0.0872-0.24040.08360.0045-0.02310.2807-0.07470.06110.0929-0.02660.0220.02780.00870.0854.777923.641154.8728
61.8253-0.23650.01391.74410.01052.2119-0.0599-0.15990.12050.280.0392-0.0525-0.11380.04970.02070.1265-0.0037-0.01850.0652-0.01850.031857.218840.783369.5423
72.13730.1921-0.06681.93550.38042.18890.07040.08790.3415-0.0683-0.0096-0.2725-0.26230.3323-0.06080.0671-0.04840.0250.08380.04520.185176.920647.45739.159
81.5183-0.6038-0.06211.51980.09691.56250.07820.2710.0891-0.136-0.08850.0834-0.01090.01080.01030.04660.02940.00040.08810.04430.048364.619239.248723.0373
90.41890.1460.0080.23190.02810.11890.01210.02520.0050.0081-0.02080.0031-0.0016-0.00690.00870.20520.0240.00430.18390.00710.198141.369121.125241.6072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2A210 - 397
3X-RAY DIFFRACTION2A999
4X-RAY DIFFRACTION3B33 - 200
5X-RAY DIFFRACTION4B211 - 397
6X-RAY DIFFRACTION4B999
7X-RAY DIFFRACTION5C33 - 199
8X-RAY DIFFRACTION6C211 - 397
9X-RAY DIFFRACTION6C999
10X-RAY DIFFRACTION7D33 - 202
11X-RAY DIFFRACTION8D211 - 397
12X-RAY DIFFRACTION8D999
13X-RAY DIFFRACTION9W501 - 1658

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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