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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3p24 | ||||||
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Title | Structure of profragilysin-3 from Bacteroides fragilis | ||||||
![]() | BFT-3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / metzincins / Metalloendopeptidase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Goulas, T. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure, function and latency regulation of a bacterial enterotoxin potentially derived from a mammalian adamalysin/ADAM xenolog. Authors: Goulas, T. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 622 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 515.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 492.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 511.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 92.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 44446.965 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1162 molecules ![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/AZI.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/AZI.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ZN / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 100mM sodium citrate dihydrate, 20% PEG 3000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 27, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0723 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 164503 / Num. obs: 164503 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.719 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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