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万見
- PDB-5e8v: TGF-BETA RECEPTOR TYPE 2 KINASE DOMAIN (E431A,R433A,E485A,K488A,R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e8v
タイトルTGF-BETA RECEPTOR TYPE 2 KINASE DOMAIN (E431A,R433A,E485A,K488A,R493A,R495A)
要素TGF-beta receptor type-2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / KINASE DOMAIN (キナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer ...positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / activin receptor activity / miRNA transport / Langerhans cell differentiation / type III transforming growth factor beta receptor binding / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / aorta morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / secondary palate development / cardiac left ventricle morphogenesis / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / endocardial cushion fusion / positive regulation of T cell tolerance induction / membranous septum morphogenesis / lung lobe morphogenesis / positive regulation of NK T cell differentiation / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / myeloid dendritic cell differentiation / regulation of stem cell proliferation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / activin binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / outflow tract septum morphogenesis / regulation of stem cell differentiation / SMAD protein signal transduction / glycosaminoglycan binding / kinase activator activity / transforming growth factor beta binding / embryonic cranial skeleton morphogenesis / response to cholesterol / aortic valve morphogenesis / lens development in camera-type eye / embryonic hemopoiesis / atrioventricular valve morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / trachea formation / artery morphogenesis / smoothened signaling pathway / branching involved in blood vessel morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of epithelial cell migration / roof of mouth development / heart looping / blood vessel development / outflow tract morphogenesis / activation of protein kinase activity / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / SMAD binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / gastrulation / 上皮間葉転換 / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / 脈管形成 / Notchシグナリング / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / カベオラ / brain development / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of angiogenesis / UCH proteinases / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of cell population proliferation / heart development / 遺伝子発現の調節 / in utero embryonic development / molecular adaptor activity / receptor complex / response to xenobiotic stimulus / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / リン酸化 / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TGF-beta receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of apo and inhibitor-bound TGF beta R2 kinase domain: insights into TGF beta R isoform selectivity.
著者: Tebben, A.J. / Ruzanov, M. / Gao, M. / Xie, D. / Kiefer, S.E. / Yan, C. / Newitt, J.A. / Zhang, L. / Kim, K. / Lu, H. / Kopcho, L.M. / Sheriff, S.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9332
ポリマ－35,8411
非ポリマー921
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.920, 76.310, 78.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type-2 / TGFR-2 / TGF-beta type II receptor / Transforming growth factor-beta receptor type II / TbetaR-II


分子量: 35840.680 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 237-549 / 変異: E431A,R433A,E485A,K488A,R493A,R495A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR2 / プラスミド: PFASTBAC1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P37173, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mm TRIS-HCl, PH 8.5, 150 mm MgCl2, 24%(w/v) PEG4000, 20%(v/v) glcyerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→48.04 Å / Num. obs: 40664 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.28 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.69→1.95 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rejects: 0 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TZM

3tzm


解像度: 1.69→24.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9491 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9317 / SU R Cruickshank DPI: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Blow DPI: 0.094 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 1923 4.74 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs0.1939 40604 97.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 90.91 Å2 / Biso mean: 31.25 Å2 / Biso min: 15.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3136 Å20 Å20 Å2
2---4.2156 Å20 Å2
3---7.5292 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.196 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→24.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2268 0 6 188 2462
Biso mean--46.76 39.81 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d784SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes52HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes343HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2332HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion312SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2826SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2332HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3174HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.38
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 122 4.4 %
Rwork0.2237 2651 -
all0.2245 2773 -
obs--97.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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