PDB-6h4s: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16m

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h4s

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16m

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Histone demethylase / Inhibitor / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.V. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: C8-substituted pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-ones: Studies towards the identification of potent, cell penetrant Jumonji C domain containing histone lysine demethylase 4 subfamily (KDM4) ...
著者: Le Bihan, Y.V. / Lanigan, R.M. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Velupillai, S. / Malcolm, A.G. / England, K.S. / Ruda, G.F. / Mok, N.Y. / Tumber, A. / Tomlin, K. / Saville, H. / Shehu, E. / ...

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h4s.cif.gz	570.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h4s.ent.gz	470 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6h4s_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h4s_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6h4s_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	6h4s_validation.cif.gz	77 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h4oC 6h4pC 6h4qC 6h4rC 6h4tC 6h4uC 6h4vC 6h4wC 6h4xC 6h4yC 6h4zC 6h50C 6h51C 6h52C 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h4t-4 6h4x-1 3rvh-2 5f3g-4 6h4r-4 5f3c-1 6h4w-4 6h4q-2 6h4y-3 5a7p-1 6h4y-4 6h4q-1 5f2w-4 5f3e-1 5f5i-2 2vd7-2 5f3g-1 6h4v-4 6h4x-4 6h4u-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.690, 101.373, 142.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 656分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FQE / 8-[4-[2-[4-[3-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 471.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→49.64 Å / Num. obs: 59858 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 46.38 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.45→2.52 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 2.085 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4700 / CC_1/2: 0.325 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2oq7

2oq7

解像度: 2.45→49.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU R Cruickshank DPI: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.391 / SU R_free Blow DPI: 0.231 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.233

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	3025	5.06 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.175	59833	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.2932 Å²	0 Å²	-0.681 Å²
2-	-	0.3561 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.6494 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.45→49.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10680	0	135	641	11456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11200	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	15253	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3589	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		228	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1737	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11200	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		5	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.03
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.02
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1422	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		7	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13067	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2744	181	4.07 %
R_work	0.2296	4266	-
all	0.2314	4447	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.3986	2.5679	0.8101	7.73	-1.1949	5.0781	0.088	0.0634	0.2029	0.0468	-0.1775	-0.1436	-0.5533	0.4067	0.0896	0.0382	-0.0805	0.133	-0.2097	0.0302	0.0415	15.3339	-0.0037	-59.1098
2	1.8382	0.1555	0.0041	3.8273	-0.6256	1.6583	0.1112	-0.0172	-0.1963	0.0863	-0.1003	-0.2636	0.0941	0.2103	-0.0109	-0.0585	0.0646	-0.0116	-0.1036	0.0771	-0.0372	10.5577	-27.8258	-52.2873
3	1.7896	-1.8204	0.3365	1.1262	0.354	2.7908	-0.0334	0.3548	-0.1488	-0.264	0.1508	-0.1737	0.1336	0.0656	-0.1174	0.0363	0.1356	-0.0036	-0.0684	0.0066	0.0191	10.5505	-26.9119	-69.62
4	3.8162	0.3624	-0.2245	3.7216	-0.0522	2.6841	0.1592	-0.5272	0.2559	0.4647	-0.0269	-0.1085	-0.2969	0.2633	-0.1323	-0.0413	0.0278	0.0335	-0.0959	0.0278	-0.1455	10.5545	-16.0024	-50.1919
5	4.7913	-1.0896	0.5648	1.134	-0.5403	3.2155	0.065	-0.0309	0.2096	0.0018	0.0554	0.0835	-0.4135	-0.1342	-0.1203	0.04	0.0428	0.0708	-0.216	0.0809	0.0713	3.0411	-11.0456	-59.1756
6	1.2014	0.2847	-0.2918	2.1192	-0.6371	3.1898	0.159	0.046	0.3579	-0.0824	0.1576	0.3204	-0.4292	-0.4594	-0.3166	-0.0096	0.09	0.0988	-0.1493	0.083	-0.0141	2.0003	-13.6104	-60.0687
7	5.4303	-3.2067	-1.0666	0.6727	1.77	3.8786	-0.0231	-0.4301	0.2591	0.1886	0.0057	0.3705	-0.3241	-0.3003	0.0174	0.1536	0.1744	0.186	-0.2804	-0.1256	-0.0001	-2.839	4.1275	-47.4021
8	2.2615	-0.0293	0.1755	2.4926	0.0278	1.9127	0.0683	-0.0167	0.0097	0.0161	-0.0834	0.1664	-0.099	-0.17	0.0151	-0.1281	-0.0145	0.0128	-0.1367	0.0101	-0.0772	2.6088	-52.5413	-14.4341
9	4.8056	3.2634	-1.2089	1.5117	-2.0512	7.9436	0.1257	0.3781	0.1511	0.1371	-0.1147	-0.0888	-0.4716	0.353	-0.011	0.0263	-0.0232	0.0026	-0.1703	0.1128	-0.0709	13.9251	-34.8533	-27.6939
10	0.8459	3.335	3.0474	4.6947	-2.3974	0.9702	0.0134	-0.0767	-0.3946	0.2421	0.0501	0.0985	0.4155	-0.1847	-0.0635	0.1023	-0.1428	-0.0372	-0.0883	-0.0674	-0.0394	-25.57	-66.4686	-55.9418
11	2.9097	-0.1153	-0.6936	4.9418	0.636	3.2428	-0.0254	-0.4186	0.5257	0.3332	-0.1417	0.5011	-0.0171	-0.5295	0.1671	-0.2692	0.0866	-0.0807	-0.0792	-0.1399	-0.0837	-19.7345	-43.3755	-52.1498
12	0.2832	-2.7541	2.8252	0.5715	-1.1954	1.7316	-0.0229	0.0711	0.1398	-0.2263	0.0436	0.0432	-0.1697	-0.1366	-0.0207	-0.1086	-0.0246	-0.1301	-0.0744	-0.0465	0.2009	-20.3606	-38.3093	-67.5034
13	3.7525	0.7319	-0.3916	3.9248	0.381	2.808	-0.1201	-0.3957	-0.1591	0.3825	-0.0167	-0.2724	0.5126	-0.0951	0.1368	-0.1388	0.0095	-0.0641	-0.1629	-0.0855	-0.1658	-12.861	-53.23	-54.0605
14	0.9087	-2.704	2.0436	4.4977	-1.5029	0.8363	-0.0547	-0.196	-0.1683	0.0567	0.0859	-0.1389	0.2843	0.2652	-0.0312	0.236	0.1256	-0.0023	-0.3031	0.1744	0.094	-6.3369	-74.1445	-47.7588
15	1.171	-0.4384	2.0104	5.6134	-1.0699	0.6275	0.0344	0.0284	-0.5127	-0.1967	0.1238	0.0637	0.4229	0.3288	-0.1582	0.061	0.1598	0.0124	-0.1181	-0.0358	-0.0492	34.1025	-4.3423	-10.0209
16	1.2724	-0.4975	0.6443	3.6732	-0.1874	2.0644	-0.0489	0.4038	0.2166	-0.4653	0.0659	-0.4507	0.1766	0.5681	-0.017	-0.1495	-0.0193	0.1017	0.0146	0.1079	-0.1295	33.0811	14.3913	-18.2343
17	3.8372	-0.8556	-1.2789	1.6685	-0.8825	1.2598	0.0367	0.1663	0.1649	-0.1944	-0.0812	-0.0336	-0.2885	0.1345	0.0445	-0.0173	-0.1444	0.0042	-0.0099	0.1305	0.028	25.2426	27.7002	-18.6175
18	4.5674	-0.5646	-2.3066	4.5318	0.2801	7.417	-0.06	0.2129	0.5464	-0.2429	0.0772	-0.222	-0.2005	0.3872	-0.0172	-0.2065	-0.0899	-0.0522	-0.1423	0.0943	-0.0329	30.4116	23.3727	-11.9857
19	3.3159	0.4092	0.385	3.9266	-0.4677	2.1628	-0.0532	0.4933	-0.1866	-0.5486	0.2225	0.3436	0.4258	0.113	-0.1694	-0.0187	-0.0043	-0.0542	-0.1006	0.0394	-0.1424	25.4993	9.2216	-16.3479
20	1.8583	-0.226	-0.1671	3.8709	-0.0592	3.0609	-0.0601	0.0492	-0.1747	-0.0894	0.0661	0.5183	0.3268	-0.0641	-0.006	-0.1017	0.0049	-0.0147	-0.0949	0.0874	-0.0581	22.2297	11.7967	-9.9161
21	3.1014	2.8203	2.5222	0	0.3598	2.185	-0.0159	0.0874	-0.043	-0.0932	0.0174	0.0993	0.0739	-0.1253	-0.0015	0.0247	-0.1436	-0.1793	-0.1366	-0.0638	0.1451	14.0029	-0.5013	-20.023
22	-0.3378	2.5878	1.0096	0	2.2166	0.3378	-0.0041	0.0478	-0.0462	-0.0442	0.0255	0.0329	0.0271	-0.1015	-0.0214	0.1207	-0.1266	-0.1546	-0.2002	-0.1681	0.1344	12.1639	-11.8081	-25.6379
23	0.6583	2.7221	-2.0993	3.866	1.1227	0.9608	0.0127	0.0722	-0.0928	0.0025	0.0966	0.0869	0.1501	-0.0499	-0.1094	0.1869	-0.1297	0.0759	-0.3029	-0.1211	0.1528	21.2847	-10.8802	-12.8384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|8 - 53}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|54 - 102}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|103 - 124}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|125 - 190}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|191 - 226}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|227 - 293}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|294 - 354}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|7 - 293}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|294 - 353}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|9 - 36}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|37 - 102}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|103 - 124}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|125 - 317}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|318 - 354}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{D\|1 - 36}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|37 - 78}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|79 - 102}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{D\|103 - 144}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{D\|145 - 226}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{D\|227 - 293}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{D\|294 - 317}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{D\|318 - 334}
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{D\|335 - 354}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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