PDB-6h4p: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h4p

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16a

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Histone demethylase / Inhibitor / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.V. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: C8-substituted pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-ones: Studies towards the identification of potent, cell penetrant Jumonji C domain containing histone lysine demethylase 4 subfamily (KDM4) ...
著者: Le Bihan, Y.V. / Lanigan, R.M. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Velupillai, S. / Malcolm, A.G. / England, K.S. / Ruda, G.F. / Mok, N.Y. / Tumber, A. / Tomlin, K. / Saville, H. / Shehu, E. / ...

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h4p.cif.gz	576.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h4p.ent.gz	475.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h4oC 6h4qC 6h4rC 6h4sC 6h4tC 6h4uC 6h4vC 6h4wC 6h4xC 6h4yC 6h4zC 6h50C 6h51C 6h52C 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ot7-2 5a7p-1 5f5i-1 2vd7-2 5fwe-2 5f2w-4 5f37-4 6hgt-2 3pdq-1 6h4q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.240, 102.060, 142.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 6種, 673分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FQ5 / 8-[4-[2-[4-(3-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 434.921 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₃ClN₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→82.58 Å / Num. obs: 84505 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 55.38 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.19→2.24 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.462 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6259 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7

解像度: 2.19→82.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.205 / SU R_free Blow DPI: 0.166 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.168

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	4223	5 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.172	84505	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8361 Å²	0 Å²	-1.9087 Å²
2-	-	-4.9974 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.8335 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.19→82.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10805	0	142	648	11595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11343	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	15443	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3624	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		221	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1773	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11343	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		6	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.18
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.33
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1437	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		18	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13005	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.19→2.25 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2555	307	4.91 %
R_work	0.2208	5949	-
all	0.2225	6256	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9749	-0.0282	-2.456	5.9978	-2.8721	-0.8249	0.0422	0.0435	0.1931	0.1168	0.0338	-0.233	-0.3013	0.0682	-0.076	0.0971	0.0394	0.1666	-0.0181	-0.006	-0.0558	15.6046	0.8191	-60.975
2	1.4119	0.4502	0.0263	2.8414	-1.3833	1.8193	0.3089	-0.0863	0.0352	0.2983	-0.237	-0.2475	-0.2606	0.1679	-0.0719	-0.0283	0.039	0.0323	-0.0628	0.0166	-0.1751	11.9118	-18.3557	-53.9675
3	2.7797	0.4124	0.8228	3.2268	0.2159	4.5147	0.136	0.2334	-0.1622	-0.246	0.0428	-0.2067	0.0266	0.1326	-0.1788	-0.0775	0.0722	0.0352	-0.0458	0.0161	-0.1268	10.7031	-25.2788	-61.2942
4	2.9019	-0.3774	-0.5886	2.3957	0.0902	2.9212	0.1534	-0.5734	0.2656	0.5155	0.0052	0.009	-0.4918	0.1353	-0.1586	0.0991	0.0153	0.0803	-0.0076	-0.0009	-0.2205	9.0297	-12.0509	-47.0836
5	2.0654	0.4209	0.0154	2.0127	-0.5288	1.8228	0.2428	0.0293	0.2734	0.1359	0.0634	0.2331	-0.1992	-0.1992	-0.3062	0.0125	0.07	0.0945	-0.0818	0.0624	-0.1213	2.0415	-13.0281	-59.6726
6	4.3493	0.4501	-1.9878	3.4421	-0.5154	3.3811	0.0011	-0.4713	0.3511	0.5076	0.1069	0.213	-0.458	-0.4924	-0.1081	0.2232	0.1599	0.2372	-0.1298	-0.0367	-0.2375	-3.1386	2.8322	-46.6589
7	0.9234	0.955	-2.7794	6.4879	1.2777	-0.7202	0.0784	0.1024	0.2816	0.0594	-0.0358	0.2341	-0.501	-0.1579	-0.0426	0.0332	0.044	0.0186	0.0061	-0.0242	-0.073	-3.7466	-35.9126	-11.2682
8	1.4436	-0.0964	0.1367	1.3362	0.2374	1.2754	0.0424	0.0284	-0.0636	-0.0033	-0.028	0.2078	0.0437	-0.1555	-0.0144	-0.0554	-0.0484	-0.0399	-0.0299	0.0125	-0.1048	3.2554	-54.5618	-14.444
9	1.5089	1.3255	0.1652	0.4685	-2.3707	4.573	0.1098	0.3673	0.3234	-0.2157	-0.1353	0.0361	-0.4074	0.2366	0.0255	0.036	-0.0416	-0.0179	-0.0299	0.0553	-0.0848	14.13	-36.0921	-27.5283
10	0.5137	2.8671	2.994	0.9919	-2.3241	0.9605	-0.053	0.065	-0.1994	0.3746	0.0305	0.2454	0.5001	-0.1308	0.0225	0.1859	-0.1411	0.1133	-0.07	-0.0792	-0.0786	-26.365	-66.7957	-54.9595
11	3.0956	-0.7714	-1.4078	2.9694	1.6209	2.8365	-0.0318	-0.1423	0.3392	0.3033	0.0042	0.2173	0.2195	-0.2361	0.0276	-0.1496	0.0448	-0.1016	-0.004	-0.0723	-0.1899	-19.745	-43.9374	-51.8959
12	1.6094	-2.1509	2.7503	1.4377	-3.2986	2.4361	-0.0343	0.207	0.0688	-0.2924	0.115	0.0634	-0.0994	-0.3078	-0.0807	-0.0684	0.0433	-0.135	0.031	0.0042	-0.0206	-20.8571	-38.5476	-67.023
13	2.7611	0.1537	-0.7128	3.1395	0.8826	3.0676	-0.1407	-0.129	-0.0354	0.4797	0.0143	-0.1431	0.4853	-0.1391	0.1264	-0.0724	0.018	-0.0807	-0.079	-0.0622	-0.1981	-14.1635	-52.1816	-54.4696
14	2.0224	-2.5565	-0.1037	0	-2.4107	0.7511	-0.1407	-0.3758	-0.4622	0.4108	-0.0718	-0.3066	0.489	0.2304	0.2125	0.3323	0.1432	-0.0849	-0.1953	0.0664	-0.1187	-5.3868	-70.0436	-47.4761
15	2.5073	-1.0362	0.829	2.7986	-1.5216	2.9871	-0.096	0.3862	-0.0874	-0.4688	-0.0359	-0.449	0.5038	0.5873	0.1319	0.0043	0.0126	0.0756	0.019	-0.0276	-0.194	37.0721	4.606	-16.5402
16	5.6456	-0.1441	-2.3014	2.3343	-1.0995	6.5568	-0.0293	0.208	0.5304	0.1246	0.0928	-0.0678	-0.5208	0.1608	-0.0634	-0.0397	-0.1048	-0.0676	-0.1847	0.0629	-0.0594	26.9897	27.1702	-11.222
17	2.4036	0.0099	-1.1907	0.5513	-1.6063	2.948	-0.1294	0.4786	0.2596	-0.5589	0.0921	0.0461	0.0943	0.2448	0.0373	0.0627	-0.0931	-0.0404	0.0257	0.0418	-0.1589	29.9471	20.0259	-21.186
18	2.4537	-0.419	-0.0652	1.088	-1.2051	1.4149	-0.0667	0.515	-0.21	-0.5874	-0.0332	0.2213	0.479	0.1601	0.0999	0.1181	-0.0678	-0.0317	0.0355	-0.0025	-0.2462	27.5474	8.9649	-23.2261
19	2.5046	-0.0352	-0.6286	2.5451	-0.3402	2.3855	-0.1223	0.1067	-0.0824	-0.1858	0.1019	0.2749	0.2124	-0.0783	0.0204	-0.0409	-0.0374	-0.0619	-0.0482	0.0287	-0.1535	22.6316	10.9209	-9.8838
20	3.4412	1.9328	-0.6836	1.9502	1.6266	3.2396	-0.128	0.5326	-0.4918	-0.571	-0.0145	0.3722	0.5004	-0.4633	0.1424	0.1865	-0.1392	-0.113	-0.166	-0.0909	-0.0965	16.1287	-6.7482	-20.029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|6 - 26}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|27 - 102}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|103 - 144}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|145 - 190}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|191 - 291}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|292 - 354}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|4 - 26}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|27 - 293}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|294 - 353}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|10 - 36}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|37 - 101}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|102 - 124}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|125 - 293}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|294 - 354}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{D\|10 - 70}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|71 - 124}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|125 - 144}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{D\|145 - 190}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{D\|191 - 291}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{D\|292 - 354}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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