+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pdq | ||||||
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Title | Crystal structure of JMJD2A complexed with bipyridyl inhibitor | ||||||
Components | Lysine-specific demethylase 4A | ||||||
Keywords | Oxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / jmjC Domain / Oxidoreductase / Chromatin Regulator / Dioxygenase / Transcription / Iron / 2-oxoglutarate / alpha-ketoglutarate / Demethylation / Nucleus / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / positive regulation of neuron differentiation / response to nutrient levels / negative regulation of autophagy / HDMs demethylate histones / fibrillar center / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / positive regulation of gene expression / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.989 Å | ||||||
Authors | King, O.N.F. / Chang, K.-H. / Rose, N.R. / Clifton, I.J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Chemmedchem / Year: 2011 Title: Inhibition of histone demethylases by 4-carboxy-2,2'-bipyridyl compounds Authors: Chang, K.-H. / King, O.N.F. / Tumber, A. / Woon, E.C. / Heightman, T.D. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Rose, N.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pdq.cif.gz | 317.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pdq.ent.gz | 256.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pdq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pdq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2ox0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 44326.273 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Catalytic domain, residues 1-359 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KDM4A / Plasmid: pNIC28-BSA4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) References: UniProt: O75164, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor |
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-Non-polymers , 6 types, 565 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.45 % / Mosaicity: 0.33 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Citrate, 4mM NiCl2, 17.5% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 8, 2010 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 6.3 % / Number: 379832 / Rmerge(I) obs: 0.087 / D res high: 1.99 Å / D res low: 53.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.989→83.549 Å / Num. all: 60331 / Num. obs: 60331 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 27.67 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 13.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2OX0 Resolution: 1.989→45.469 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.03 / Phase error: 19.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.426 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.46 Å2 / Biso mean: 36.2503 Å2 / Biso min: 7.46 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.989→45.469 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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