PDB-7du5: The structure of the M.tb MazF-mt1 toxin in complex with a fragme...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7du5

タイトル

The structure of the M.tb MazF-mt1 toxin in complex with a fragment of cognate antitoxin

要素

A fragment of MazE-mt1
Endoribonuclease MazF9

キーワード

TOXIN (毒素) /

Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / MazF / cocrystal structure /

antibacterial peptide (抗微生物ペプチド)

機能・相同性

機能・相同性情報

modulation by symbiont of host process / negative regulation of growth / rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Xie, W. / Chen, R.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Toxins / 年: 2021
タイトル: Mechanistic Insight into the Peptide Binding Modes to Two M. tb MazF Toxins.
著者: Chen, R. / Zhou, J. / Xie, W.

履歴

登録	2021年1月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7du5.cif.gz	130.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7du5.ent.gz	85.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7du5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/7du5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/7du5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7du4C 6kytS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r9j-2 5cr2-1 3aav-2 6y41-16 8pch-d 4d7u-2 5tca-2 1sfs-d 3fle-1 6y41-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF9

B: Endoribonuclease MazF9

C: A fragment of MazE-mt1

28.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.271, 83.271, 141.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 2 - 116 / Label seq-ID: 6 - 120

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and (resid 2 through 68 or (resid 69...	A	A
2	2	(chain 'B' and (resid 2 or (resid 3 and (name...	B	B

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF9 / Toxin MazF9 / mRNA interferase MazF-mt1 分子量: 13270.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: mazF9, mazF-mt1, Rv2801c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P71650, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド	A fragment of MazE-mt1 分子量: 1926.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M NaOAc pH 5.0, 0.1 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→41.64 Å / Num. obs: 8929 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.8 % / B_iso Wilson estimate: 67.38 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 30.5
反射シェル	解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 20.1 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 1158 / CC_1/2: 0.99 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KYT

6kyt

解像度: 2.65→41.64 Å / SU ML: 0.3724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.7292 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2804	421	4.73 %
R_work	0.2542	8488	-
obs	0.2554	8909	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→41.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1873	0	0	0	1873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	1899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0962	2594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	341
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.2792	1155

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-3.03	0.3053	136	0.3168	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.03-3.82	0.3077	152	0.2956	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.82-41.64	0.2625	133	0.2275	2981	X-RAY DIFFRACTION	99.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.41898777544	1.72012336701	-3.36302077827	5.20085696128	-1.83876024162	2.0410469517	-0.0805269199871	1.38834279689	-0.595171154011	-1.2262106726	-0.133352600893	-0.206136388993	0.207110492329	-0.568611417411	0.217195671389	0.497627136101	0.00286628725305	-0.0846301974018	1.26237834857	-0.107706605259	0.627305750718	26.4363025088	96.1379132832	0.912222372251
2	4.79734072556	-1.32501643965	-2.50976274596	4.28577398518	-0.910756656354	6.17208074267	-0.255334297898	2.7010034473	0.213817701129	-0.809090782791	0.44628365333	-0.126375882365	-0.132443088345	0.0950738307592	0.183918767842	0.539036384302	-0.163016028685	-0.037270387736	1.49729591461	0.261198714505	0.605650544491	21.2116608313	101.186165342	0.306917177643
3	5.60158733588	-1.83217019172	-2.35469285993	3.20631974077	0.423188246678	3.5066094247	0.188006123912	0.0563287287097	0.443379252227	-0.0748484775825	-0.296820062389	-0.508400644291	-0.0404762955007	0.78779503646	0.102294436046	0.513364630149	-0.178555885647	0.0488600629166	1.14129803469	0.0889472406374	0.631977510857	30.5718596451	105.06968484	6.71892260777
4	5.05714478803	0.514596412041	-1.4539080541	3.764922148	1.39157881382	4.34965474543	-0.308789333762	-0.591571660178	-0.12127182701	0.426111921257	-0.220228275944	-0.402366851306	1.11280131498	0.377827734109	0.31764713898	0.366817863618	-0.119162371544	-0.0914190297657	1.08864086306	0.14041666888	0.641113940077	24.9820694675	99.7568383748	12.1888055391
5	6.71426368875	-1.10258262121	-0.649575556495	4.83454039935	0.975708098377	4.74206205432	0.0920139419418	1.62160687518	1.12875206543	-0.449942491632	0.272839376657	-0.123370981548	-0.313910791065	0.0479825073267	-0.248595818359	0.586889099541	0.0153733441832	-0.0723868786634	0.959225977624	0.181201990497	0.737670887179	10.3727603355	112.116819582	1.73635943434
6	4.21360926094	1.19209675455	1.54385173084	3.5166149082	1.43087009806	3.08569683594	-0.626723154903	0.0128864603537	0.432710274641	-0.399617928747	0.268703012769	0.470619406692	-0.611695288847	0.0551465111522	0.00656097246248	0.523210048955	-0.104869042463	-0.056033196247	0.949158439266	0.103461479845	0.700701842538	14.4041294454	115.650756754	10.1958739253
7	5.50969839936	-0.288258333449	0.181168667671	1.56719438707	2.00382156851	6.82601030099	-0.995636814799	1.54390507375	0.0610716777175	-0.717002092066	0.275330833908	1.16772967526	-0.0508608824996	-1.50701620498	0.862105748291	0.687177741022	-0.233273818719	-0.137589655511	1.3734742261	-0.0322601389156	0.852038596835	1.62098608051	98.468776835	2.96658928163
8	2.4723168393	-1.02685686178	3.23050224237	2.30250987732	-2.02476036634	4.19753792354	-0.243377966877	1.0211453955	1.39458057796	0.388242758056	0.350949602123	0.259730191215	0.14079612257	-1.85165831166	0.047027989784	0.351353019382	0.0509317263651	-0.12156189635	1.19280232643	0.0958678291028	0.953644374897	0.326398378334	105.931704844	6.37277583716
9	4.95754615032	-0.786248745541	-2.08423717259	5.80642967583	-1.31362817392	3.07813131426	-0.118361339209	0.921588238854	1.59088591805	-0.247980660555	0.0422297145823	0.0895302919965	-0.596976042376	-0.194155224075	0.0357612059891	0.693638113211	-0.00934702057532	-0.185661366254	1.01041225479	0.216602141657	0.923417494991	10.4588523652	115.416261885	5.27830241241
10	2.16660794658	-5.60716386762	-5.26104723723	2.23102299159	5.01093208765	5.91204753695	-0.48022030133	-0.047075502966	-1.82060878814	0.871234800362	-0.351712555007	1.32928817902	0.666793315117	-0.317636145104	0.666312431431	0.427601064037	-0.175233939726	0.00255770311823	0.803833221512	-0.0118787182809	0.73930511976	10.1145427856	99.408002689	15.1268908108
11	4.48050748467	0.191378503745	-0.853829796012	2.53729358761	-1.75561522874	1.85838685684	0.780898783922	-0.202777495616	1.45447667203	0.516759562423	0.244047732001	-0.855589585187	-1.74883239183	-0.113613224818	-1.17447745405	0.860800979294	-0.526590251085	0.157619382365	1.18048676953	0.16338663524	1.02631294438	28.4580303247	117.440088748	12.1608956034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 90 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 91 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 22 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 23 through 50 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 51 through 61 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 62 through 82 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 83 through 99 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 100 through 117 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 42 through 56 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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