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- PDB-7du4: The structure of the M.tb MazF-mt9 toxin in complex with a fragme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7du4
タイトルThe structure of the M.tb MazF-mt9 toxin in complex with a fragment of cognate antitoxin
要素
  • Probable endoribonuclease MazF7
  • peptide
キーワードTOXIN / Mycobacterium tuberculosis / anti-bacterial peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host process / negative regulation of growth / rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable endoribonuclease MazF7
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Xie, W. / Chen, R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870782 中国
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2021
タイトル: Mechanistic Insight into the Peptide Binding Modes to Two M. tb MazF Toxins.
著者: Chen, R. / Zhou, J. / Xie, W.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable endoribonuclease MazF7
B: Probable endoribonuclease MazF7
Q: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9033
ポリマ－30,9033
非ポリマー00
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.610, 74.610, 104.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAchain 'A'AA2 - 146 - 18
12GLYGLYchain 'A'AA23 - 11327 - 117
23ALAALA(chain 'B' and (resid 2 through 23 or (resid 24...BB2 - 146 - 18
24GLYGLY(chain 'B' and (resid 2 through 23 or (resid 24...BB23 - 11327 - 117

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要素

#1: タンパク質 Probable endoribonuclease MazF7 / Toxin MazF7


分子量: 14633.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: mazF7, Rv2063A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0CL62, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 1635.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.5 M NaCl,0.1 M NaOAc pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 17270 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 27.66 Å2 / CC1/2: 0.935 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 4.15 / Num. unique obs: 1730 / CC1/2: 0.945

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A6X

6a6x


解像度: 2.18→37.31 Å / SU ML: 0.2574 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.4736 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 852 5.13 %
Rwork0.1829 15747 -
obs0.185 16599 96.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→37.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1632 0 0 117 1749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00661653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98672253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0579282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.95231025
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.320.2521240.20672168X-RAY DIFFRACTION80.17
2.32-2.50.25331580.21152701X-RAY DIFFRACTION99.55
2.5-2.750.25351590.2012694X-RAY DIFFRACTION99.93
2.75-3.140.26721330.19092723X-RAY DIFFRACTION99.93
3.14-3.960.18241610.16682711X-RAY DIFFRACTION99.97
3.96-37.310.21871170.17212750X-RAY DIFFRACTION98.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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