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- PDB-7dr4: Complex of anti-human IL-2 antibody and human IL-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dr4
タイトルComplex of anti-human IL-2 antibody and human IL-2
要素
  • Interleukin-2
  • anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain
  • anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / human IL-2 / antibody / Tcell / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling ...kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / kinase activator activity / natural killer cell activation / Interleukin-2 signaling / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / response to ethanol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Kim, M.S. / Kim, J.E.
引用ジャーナル: Oncoimmunology / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of human interleukin-2 in complex with TCB2, a new antibody-drug candidate with antitumor activity.
著者: Kim, J. / Lee, J.Y. / Park, S.Y. / Lee, Y.J. / Kim, M.S.
履歴
登録2020年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain
L: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain
A: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain
B: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain
C: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain
D: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain
E: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain
F: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain
G: Interleukin-2
I: Interleukin-2
J: Interleukin-2
K: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,25212
ポリマ－252,25212
非ポリマー00
水7,602422
1
H: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain
L: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain
K: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0633
ポリマ－63,0633
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain
B: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain
J: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0633
ポリマ－63,0633
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain
D: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain
G: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0633
ポリマ－63,0633
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain
F: anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain
I: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0633
ポリマ－63,0633
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.334, 72.261, 210.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.711, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体
anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, heavy chain


分子量: 23880.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
anti-human IL-2 antibody, mouse Ig G, kappa chain


分子量: 23746.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF


分子量: 15435.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P60568
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4NO3, pH4.8, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→48.25 Å / Num. obs: 80414 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 34.01 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 1.34
反射 シェル解像度: 2.5→2.5 Å / Num. unique obs: 5025 / CC1/2: 0.442

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LQB

5lqb


解像度: 2.49→29.79 Å / SU ML: 0.3544 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0852
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 1994 2.48 %
Rwork0.1948 78382 -
obs0.1964 80376 95.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16907 0 0 422 17329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008217290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.013923495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05512699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062969
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.94876299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.550.35761310.26275025X-RAY DIFFRACTION87.38
2.55-2.620.27481310.24735414X-RAY DIFFRACTION93.38
2.62-2.70.32761380.245438X-RAY DIFFRACTION94.05
2.7-2.790.29411410.23215427X-RAY DIFFRACTION93.22
2.79-2.890.31891380.22195461X-RAY DIFFRACTION93.91
2.89-30.32091380.21995624X-RAY DIFFRACTION96.66
3-3.140.26681470.22185611X-RAY DIFFRACTION96.97
3.14-3.30.29041470.20335701X-RAY DIFFRACTION97.76
3.3-3.510.30951460.19695692X-RAY DIFFRACTION98.12
3.51-3.780.23161430.18735723X-RAY DIFFRACTION97.49
3.78-4.160.21241480.16185795X-RAY DIFFRACTION99.27
4.16-4.760.2051490.14325769X-RAY DIFFRACTION98.83
4.76-5.990.20341470.16815805X-RAY DIFFRACTION97.98
5.99-29.790.25081500.21275897X-RAY DIFFRACTION97.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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