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- PDB-6xy2: Crystal structure of CTLA-4 complexed with the Fab of HL32 antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xy2
タイトルCrystal structure of CTLA-4 complexed with the Fab of HL32 antibody
要素
  • Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
  • Heavy chain
  • Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / CTLA-4 / Fab / antibody / immunnotherapy
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Gao, H. / Zhou, A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Structure of CTLA-4 complexed with a pH-sensitive cancer immunotherapeutic antibody.
著者: Gao, H. / Cai, H. / Liu, J. / Wang, X. / Zheng, P. / Devenport, M. / Xu, T. / Dou, F. / Liu, Y. / Zhou, A.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
H: Heavy chain
L: Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5044
ポリマ－63,2833
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: A CTLA-4 dimer with two Fab fragments
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.862, 254.478, 66.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2

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要素

#1: タンパク質 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 / CTLA-4


分子量: 13194.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTLA4, CD152 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16410
#2: 抗体 Heavy chain


分子量: 26582.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain


分子量: 23505.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 1M Li2SO4, 1.5M NH4SO4, 0.1M Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→85 Å / Num. obs: 29874 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 100.72 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 1.865 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4226 / CC1/2: 0.372 / Rpim(I) all: 0.772

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OSK

3osk


解像度: 3.05→75.33 Å / SU ML: 0.5355 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.7336
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2925 1380 5.09 %
Rwork0.2486 25753 -
obs0.2508 27133 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→75.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4149 0 14 0 4163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00244260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55265821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.27592504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.160.47941330.47942534X-RAY DIFFRACTION99.7
3.16-3.290.42211460.38962497X-RAY DIFFRACTION99.81
3.29-3.440.37331480.3262534X-RAY DIFFRACTION99.67
3.44-3.620.31221360.29282540X-RAY DIFFRACTION99.66
3.62-3.840.36481200.27222588X-RAY DIFFRACTION99.78
3.84-4.140.29251230.25792570X-RAY DIFFRACTION99.81
4.14-4.560.27841320.20132576X-RAY DIFFRACTION99.96
4.56-5.210.23691360.19112597X-RAY DIFFRACTION99.67
5.21-6.570.29841530.22182612X-RAY DIFFRACTION99.93
6.57-100.25531530.24532705X-RAY DIFFRACTION99.03
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.2864927151 Å / Origin y: 32.5358881788 Å / Origin z: -10.0469404765 Å
111213212223313233
T0.982837367911 Å2-0.102283230886 Å2-0.0275505194683 Å2-0.729273849865 Å2-0.0640899163248 Å2--0.693208875675 Å2
L0.796572929554 °21.05072935428 °2-0.299079859258 °2-5.07542993663 °2-0.991784731608 °2--0.715890366539 °2
S-0.10609184674 Å °0.0743685502338 Å °0.154236187126 Å °-0.0714228164655 Å °0.247802949594 Å °0.0269774670969 Å °-0.17859664295 Å °0.10896401198 Å °-0.128456434583 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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