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万見
- PDB-7dix: Crystal structure of LeuT in lipidic cubic phase at pH 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dix
タイトルCrystal structure of LeuT in lipidic cubic phase at pH 5
要素Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Neurotransmitter transporter / NSS / SLC6
機能・相同性Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / SELENOMETHIONINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Fan, J. / Xiao, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770783 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of LeuT reveal conformational dynamics in the outward-facing states.
著者: Fan, J. / Xiao, Y. / Quick, M. / Yang, Y. / Sun, Z. / Javitch, J.A. / Zhou, X.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
B: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3677
ポリマ－114,9052
非ポリマー4615
水1086
1
A: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6954
ポリマ－57,4531
非ポリマー2423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6723
ポリマ－57,4531
非ポリマー2192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.162, 115.070, 80.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 43 or resid 45...
21(chain B and (resid 5 through 43 or resid 45...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGPHEPHE(chain A and (resid 5 through 43 or resid 45...AA5 - 435 - 43
12ILEILELYSLYS(chain A and (resid 5 through 43 or resid 45...AA45 - 9145 - 91
13LEULEUPROPRO(chain A and (resid 5 through 43 or resid 45...AA93 - 13193 - 131
14THRTHRMSEMSE(chain A and (resid 5 through 43 or resid 45...AA - C135 - 601135
15HOHHOHHOHHOH(chain A and (resid 5 through 43 or resid 45...AH701
21ARGARGPHEPHE(chain B and (resid 5 through 43 or resid 45...BB5 - 435 - 43
22ILEILELYSLYS(chain B and (resid 5 through 43 or resid 45...BB45 - 9145 - 91
23LEULEUMETMET(chain B and (resid 5 through 43 or resid 45...BB93 - 47693 - 476
24THRTHRMSEMSE(chain B and (resid 5 through 43 or resid 45...BB - F482 - 601482
25HOHHOHHOHHOH(chain B and (resid 5 through 43 or resid 45...BI702

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要素

#1: タンパク質 Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) / LeuT


分子量: 57452.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67854
#2: 化合物 ChemComp-MSE / SELENOMETHIONINE / セレノメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 196.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2Se / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Na+-HEPES pH 7.0, 32% (v/v) PEG 350 MME, 10 mM TCEP-HCl unbuffered and 1 mM L-SeMet (the final solution at pH ~5.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→46.463 Å / Num. obs: 16453 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 73.46 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 48779
反射 シェル

Num. unique obs: 817 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.49-3.5530.64724750.7630.4260.777298.6
9.447-46.4632.90.02924090.9990.020.0352293.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A65 and 3TT1

2a65

3tt1


解像度: 3.49→41.66 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 801 4.88 %
Rwork0.2212 15597 -
obs0.2226 16398 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.42 Å2 / Biso mean: 61.4363 Å2 / Biso min: 29.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.49→41.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7872 0 21 6 7899
Biso mean--53.81 47.48 -
残基数----992
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4387X-RAY DIFFRACTION6.153TORSIONAL
12B4387X-RAY DIFFRACTION6.153TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.49-3.70810.33851410.2728261898
3.7081-3.99420.23761480.258257798
3.9942-4.39580.28091330.2378262797
4.3958-5.03090.23881170.209260197
5.0309-6.33490.27291400.2295258997
6.3349-41.660.18851220.1722258594
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01690.5704-0.70330.3612-0.51710.8282-0.1419-0.15640.20130.1737-0.22880.0345-0.04120.1789-00.38930.0264-0.00410.4682-0.01040.432526.7038-26.701834.9458
20.1060.20160.04250.36820.08970.0152-0.08220.0710.04060.0898-0.04730.0015-0.1151-0.1546-00.4314-0.0382-0.05050.459-0.00040.470121.8043-20.469922.6822
30.1428-0.0017-0.07980.0262-0.04920.15110.1986-0.0496-0.7748-0.0048-0.15040.1677-0.0115-0.2670.00030.4728-0.0213-0.08660.5590.11390.62487.5476-51.191636.1606
41.24190.2868-0.39610.8369-1.01061.2128-0.09060.1130.10470.01660.07170.22210.00240.0538-0.00020.35050.06180.0220.3805-0.05720.41889.4633-29.722433.9625
50.252-0.0204-0.27760.5650.43180.5902-0.3690.1131-0.1066-0.33830.3299-0.87760.22-0.34270.00010.49040.00770.12030.6164-0.04420.736133.092-41.32837.9511
60.3190.17040.1450.1467-0.10560.56420.0452-0.12280.1170.04-0.00290.195-0.1450.056-00.4435-0.034-0.01930.43040.00390.501619.4769-30.138735.7543
70.31280.0031-0.7185-0.0018-0.00541.6144-0.1166-0.0262-0.052-0.20450.0337-0.0117-0.092-0.1175-00.3872-0.0841-0.04590.3907-0.0190.387622.0621-21.929119.4878
80.8404-0.33720.36220.1696-0.30140.8384-0.47510.1107-0.0866-0.26030.45860.0279-0.25520.6334-0.00020.3736-0.12120.02230.5260.00390.617438.941-25.431823.7883
90.43760.31230.2860.35240.10220.2557-0.0333-0.1728-0.1262-0.5026-0.0152-0.3206-0.25820.22-0.00280.592-0.11770.10990.3784-0.00210.507117.4293-22.95999.0827
100.6169-0.4849-0.14510.39710.02670.4625-0.02610.0687-0.04650.0267-0.0048-0.0179-0.272-0.0767-00.44420.1264-0.03760.43370.10020.5321-7.2033-26.0636-21.0364
110.45350.2069-0.14120.3458-0.29160.26040.0408-0.10850.011-0.0790.04540.0053-0.2626-0.021700.50690.1332-0.01040.5354-0.00620.44392.1812-28.3472-11.0224
120.788-0.8335-0.59841.17711.13851.3138-0.12620.1253-0.0102-0.1070.0093-0.2104-0.26730.1558-0.00010.4929-0.04260.0560.49770.03790.423211.2946-29.5694-18.7659
130.5963-0.39480.00510.79640.68720.8857-0.11610.119-0.289-0.2101-0.05520.2134-0.261-0.1433-0.00020.53390.039-0.00640.641-0.0420.5812-5.9511-34.9446-23.5235
140.30.3326-0.01590.63870.61531.5412-0.15480.0163-0.0595-0.04120.0851-0.0433-0.3779-0.105-00.52710.07650.01430.4518-0.01240.4631.6968-23.018-8.7668
150.87010.39860.76280.73660.39660.6764-0.1652-0.00420.0420.4559-0.1055-0.1533-0.3645-0.1579-0.09780.34720.0532-0.00450.4393-0.04920.2829-9.0286-23.9532-2.9415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 54 )A5 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 124 )A55 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 125 through 152 )A125 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 153 through 215 )A153 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 216 through 254 )A216 - 254
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 255 through 369 )A255 - 369
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 370 through 437 )A370 - 437
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 438 through 482 )A438 - 482
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 483 through 601 )A483 - 601
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 5 through 54 )B5 - 54
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 55 through 152 )B55 - 152
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 153 through 214 )B153 - 214
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 215 through 336 )B215 - 336
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 337 through 437 )B337 - 437
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 438 through 601 )B438 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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