+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dj2 | ||||||
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Title | Crystal structure of the G26C/E290S mutant of LeuT | ||||||
Components | Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Neurotransmitter transporter / NSS / SLC6 | ||||||
Function / homology | Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / membrane / LEUCINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) Function and homology information | ||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Fan, J. / Xiao, Y. / Sun, Z. / Zhou, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Crystal structures of LeuT reveal conformational dynamics in the outward-facing states. Authors: Fan, J. / Xiao, Y. / Quick, M. / Yang, Y. / Sun, Z. / Javitch, J.A. / Zhou, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dj2.cif.gz | 401.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dj2.ent.gz | 327.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dj2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/7dj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/7dj2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7diiC 7dixC 7dj1C 7djcC 2a65S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57456.742 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G26C/E290S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O67854 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Mg2+-formate dihydrate, 0.1 M Na+-MOPS pH 7.0, 17% (w/v) PEG 3350 and 15% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97915 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→46.649 Å / Num. obs: 60625 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 208585 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2A65 Resolution: 2.4→43.329 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 138.14 Å2 / Biso mean: 44.9052 Å2 / Biso min: 22.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→43.329 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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