+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dj1 | ||||||
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Title | Crystal structure of the G26C mutant of LeuT | ||||||
Components | Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Neurotransmitter transporter / NSS / SLC6 | ||||||
Function / homology | nitrogen compound transport / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / LEUCINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) Function and homology information | ||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.528 Å | ||||||
Authors | Fan, J. / Xiao, Y. / Sun, Z. / Zhou, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Crystal structures of LeuT reveal conformational dynamics in the outward-facing states. Authors: Fan, J. / Xiao, Y. / Quick, M. / Yang, Y. / Sun, Z. / Javitch, J.A. / Zhou, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dj1.cif.gz | 394.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dj1.ent.gz | 326.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dj1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7dj1_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7dj1_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 7dj1_validation.xml.gz | 33.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7dj1_validation.cif.gz | 45.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/7dj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/7dj1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7diiC 7dixC 7dj2C 7djcC 2a65S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 57498.781 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G26C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O67854 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M choline chloride, 0.1 M Tris-HCI pH 7.5, 14% (w/v) PEG 2000 MME, 15% (v/v) glycerol and 1 mM L-Leu |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.528→47.058 Å / Num. obs: 17501 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 6.6 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Num. unique obs: 891 / Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2A65 Resolution: 3.528→46.872 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 147.37 Å2 / Biso min: 54.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.528→46.872 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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