PDB-7dih: Crystal structure of Thermoglobin Y29F mutant in complex with imi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dih

タイトル

Crystal structure of Thermoglobin Y29F mutant in complex with imidazole

要素

Thermoglobin

キーワード

OXYGEN BINDING / hemoglobin / monomer

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Muraki, N. / Aono, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chem Lett. / 年: 2021
タイトル: Structural Characterization of Y29F Mutant of Thermoglobin from a Hyperthermophilic Bacterium Aquifex aeolicus
著者: Muraki, N. / Takeda, K. / Nam, D. / Muraki, M. / Aono, S.

履歴

登録	2020年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dih.cif.gz	128.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dih.ent.gz	99.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dih_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dih_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7dih_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	7dih_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/7dih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/7dih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vhbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3g9b-d 2zjd-6 6ywl-5 5rtt-2 2zjd-3 5d17-4 4qm9-2 5x1x-d 4aii-1 5ruu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (2) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (2)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Thermoglobin

B: Thermoglobin

ヘテロ分子

34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thermoglobin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thermoglobin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.771, 35.823, 138.084
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Thermoglobin 分子量: 16252.726 Da / 分子数: 2 / 変異: Y29F / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal three amino acids (GSH) is a part of expression tag, which was digested by protease. 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: aq_211 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66586
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.69 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 3.0 M ammonium sulfide, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 2 % PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→38.03 Å / Num. obs: 46830 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2116 / R_pim(I) all: 0.501 / R_rim(I) all: 0.807 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		data processing
BUCCANEER		モデル構築
MOLREP		位相決定
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vhb

1vhb

解像度: 1.5→38.022 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2232	4417	4.87 %	Random selection
R_work	0.1993	-	-	-
obs	0.2004	46816	99.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.022 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2177	0	101	74	2352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.829	3276
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.071	1444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	369
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	402

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.3305	110	0.3022	2610	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5171-1.5349	0.2768	131	0.2989	2799	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5349-1.5536	0.2791	153	0.2872	2883	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5536-1.5733	0.2972	169	0.2576	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.2417	128	0.2454	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.2557	181	0.2302	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.2581	154	0.2227	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.2338	137	0.2134	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6894	0.2067	134	0.2085	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7171	0.2653	142	0.1948	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7467	0.2181	162	0.2029	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7467-1.7784	0.2179	150	0.1992	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.206	129	0.1988	2879	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8126-1.8496	0.2415	163	0.2002	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8899	0.2327	162	0.1969	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9338	0.2063	168	0.1864	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9822	0.2103	154	0.1914	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0358	0.2584	119	0.1973	2836	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0358-2.0957	0.1849	155	0.1862	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0957-2.1633	0.1775	145	0.1776	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2406	0.2329	134	0.1851	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2406-2.3303	0.2116	152	0.1847	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3303-2.4363	0.234	149	0.1855	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4363-2.5648	0.1988	170	0.1897	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5648-2.7254	0.1984	133	0.1921	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7254-2.9358	0.2286	159	0.2138	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9358-3.2311	0.2573	157	0.2211	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2311-3.6983	0.2227	144	0.2017	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6983-4.6581	0.1987	142	0.1749	2913	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7611	-0.2456	-0.3236	1.2878	0.137	2.7931	-0.0397	0.0901	-0.032	-0.0782	0.0424	0.0153	0.067	-0.2481	-0.013	0.1508	-0.0111	-0.0041	0.1574	0.02	0.1744	19.7844	-18.3783	19.798
2	2.5509	-0.0722	1.1699	1.3366	-0.1008	2.882	0.0136	-0.0932	-0.1984	0.0524	0.0431	0.1269	0.1095	-0.1586	-0.055	0.194	0.0071	0.0066	0.1493	0.0016	0.2143	13.8511	-20.2375	-18.2013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 137)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 137)

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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