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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7di1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the rationally designed mkDPBB_sym_86 protein | ||||||
要素 | mkDPBB_sym_86 protein | ||||||
キーワード | CHAPERONE / Double psi beta barrel | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.097 Å | ||||||
データ登録者 | Yagi, S. / Tagami, S. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021 タイトル: Seven Amino Acid Types Suffice to Create the Core Fold of RNA Polymerase. 著者: Yagi, S. / Padhi, A.K. / Vucinic, J. / Barbe, S. / Schiex, T. / Nakagawa, R. / Simoncini, D. / Zhang, K.Y.J. / Tagami, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7di1.cif.gz | 49.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7di1.ent.gz | 35.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7di1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7di1_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7di1_full_validation.pdf.gz | 443.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7di1_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7di1_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/7di1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/7di1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7dboC 7dg7SC 7dg9C 7di0C 7du6C 7du7C 7dvcC 7dvfC 7dvhC 7dwwC 7dxrC 7dxsC 7dxtC 7dxuC 7dxvC 7dxwC 7dxxC 7dxyC 7dxzC 7dycC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10069.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM HEPES pH 7.0, 15% PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.097→50 Å / Num. obs: 8524 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 7.67 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.097→2.22 Å / Num. unique obs: 1471 / CC1/2: 0.833 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7DG7 解像度: 2.097→30.455 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.12 Å2 / Biso mean: 27.6884 Å2 / Biso min: 12.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.097→30.455 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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