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- PDB-7dc6: Giant panda MHC class I complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dc6
タイトルGiant panda MHC class I complexes
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • CCV-NGY9 peptide from Spike protein
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Giant panda / MHC class I / Aime-128
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ)
Canine coronavirus (イヌコロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Yuan, H. / Xia, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31572493 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972683 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the giant panda MHC class I complex: First insights into the viral peptide presentation profile in the bear family.
著者: Yuan, H. / Ma, L. / Zhang, L. / Li, X. / Xia, C.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
E: CCV-NGY9 peptide from Spike protein
F: CCV-NGY9 peptide from Spike protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9026
ポリマ－88,9026
非ポリマー00
水57632
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
E: CCV-NGY9 peptide from Spike protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4513
ポリマ－44,4513
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
2
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
F: CCV-NGY9 peptide from Spike protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4513
ポリマ－44,4513
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.677, 173.677, 84.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-303-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / MHC I heavy chain


分子量: 31776.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ)
遺伝子: Aime-128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2KT53
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / MHC I light chain


分子量: 11578.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ)
遺伝子: B2M, PANDA_000996 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2GW37
#3: タンパク質・ペプチド CCV-NGY9 peptide from Spike protein


分子量: 1096.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canine coronavirus (イヌコロナウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65984
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.05M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES (pH 7.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 34668 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.094 / Num. unique obs: 34668

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+27 / 解像度: 2.68→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 39.385 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.593 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2911 1788 4.9 %RANDOM
Rwork0.2662 ---
obs0.2675 34668 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.23 Å2 / Biso mean: 55.72 Å2 / Biso min: 19.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å2-0 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.68→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6266 0 0 32 6298
Biso mean---33.89 -
残基数----765
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.749 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.47 119 -
Rwork0.422 2497 -
all-2616 -
obs--97.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4983-0.0672-0.28710.32540.14510.5013-0.1602-0.2146-0.0015-0.05820.05360.0213-0.00770.20110.10660.2269-0.0111-0.02280.3550.0720.0439-22.1183-36.03419.517
21.991-0.5992-0.46220.51490.84371.9565-0.0995-0.1377-0.14-0.07220.03750.0783-0.02460.28020.06190.20490.0451-0.0170.31750.08730.0928-21.8455-47.6169-5.2005
31.7341-0.18620.34910.28570.04830.47350.07530.11390.1728-0.0725-0.098-0.0610.10840.05470.02270.2313-0.05980.0230.27880.02880.024415.5762-49.9339-20.6866
43.0681.04061.38011.34470.59012.34430.0874-0.3094-0.2389-0.1061-0.0248-0.01930.1879-0.143-0.06260.1506-0.06950.00020.31870.07350.05491.6629-62.6592-17.2527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 276
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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