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万見
- PDB-7d5y: Cystein protease domain from MARTX toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d5y
タイトルCystein protease domain from MARTX toxin
要素MARTX
キーワードTOXIN / Vibrio / MARTX toxin / virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / host cell cytosol / transferase activity / toxin activity / cysteine-type endopeptidase activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / C-terminal repeat from RTX toxins / : / Peptidase C58, YopT-type domain / Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal ...: / C-terminal repeat from RTX toxins / : / Peptidase C58, YopT-type domain / Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kim, M.-H. / Hwang, J. / Choi, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cystein protease domain from MARTX toxin
著者: Kim, M.-H. / Hwang, J. / Choi, S.
履歴
登録2020年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MARTX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2283
ポリマ－23,0441
非ポリマー1842
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.307, 125.307, 125.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 MARTX


分子量: 23043.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023NA98
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.0 M potassium sodium tartrate 0.1 M MES:NaOH (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17586 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.6 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 103.69
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.427 / Num. unique obs: 1720

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EEB

3eeb


解像度: 2.2→34.75 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1736 10.01 %
Rwork0.185 --
obs0.188 17345 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1620 0 12 100 1732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6982237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.137601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2031-2.26790.2691390.22041240X-RAY DIFFRACTION97
2.2679-2.34110.23421380.191253X-RAY DIFFRACTION97
2.3411-2.42480.21661340.19531247X-RAY DIFFRACTION97
2.4248-2.52180.25471440.21561285X-RAY DIFFRACTION98
2.5218-2.63660.24411420.20951266X-RAY DIFFRACTION98
2.6366-2.77550.26651410.20851274X-RAY DIFFRACTION98
2.7755-2.94930.25081450.19971290X-RAY DIFFRACTION99
2.9493-3.17690.23031460.20791296X-RAY DIFFRACTION99
3.1769-3.49630.21111460.17881316X-RAY DIFFRACTION99
3.4963-4.00160.19391490.16541325X-RAY DIFFRACTION100
4.0016-5.03920.17191510.14781359X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7321.5923-1.31526.5195-0.11385.4160.09660.0441-0.1336-0.2067-0.2021-0.26190.1904-0.21510.04420.1620.00860.03790.2996-0.08350.38085.036886.5519129.066
24.80650.9356-1.49935.1175-0.6282.96580.1676-0.33520.44420.3381-0.0605-0.2118-0.22190.1186-0.07120.1627-0.00090.00510.2996-0.11290.34963.159391.3911134.4074
32.8706-1.4685-1.3895.15892.37012.66410.1919-0.2340.14860.0737-0.16060.2348-0.0347-0.05290.01320.1701-0.00670.00150.2813-0.06220.2596-6.799382.3273133.7621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 4091 THROUGH 4133 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 4134 THROUGH 4236 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 4237 THROUGH 4300 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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