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万見
- PDB-7d56: Structure of the peptidylarginine deiminase type III (PAD3) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d56
タイトルStructure of the peptidylarginine deiminase type III (PAD3) in complex with Cl-amidine
要素Protein-arginine deiminase type-3
キーワードHYDROLASE / Posttransrational modification / citrullination / calcium-dependent / calcium metabolism / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BFB / Protein-arginine deiminase type-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.175 Å
データ登録者Funabashi, K. / Unno, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP2512704 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP23121504 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K06507 日本
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2021
タイトル: Structures of human peptidylarginine deiminase type III provide insights into substrate recognition and inhibitor design.
著者: Funabashi, K. / Sawata, M. / Nagai, A. / Akimoto, M. / Mashimo, R. / Takahara, H. / Kizawa, K. / Thompson, P.R. / Ite, K. / Kitanishi, K. / Unno, M.
履歴
登録2020年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Protein-arginine deiminase type-3
B: Protein-arginine deiminase type-3
A: Protein-arginine deiminase type-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,62137
ポリマ－224,4873
非ポリマー2,13434
水23413
1
C: Protein-arginine deiminase type-3
ヘテロ分子

C: Protein-arginine deiminase type-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,14426
ポリマ－149,6582
非ポリマー1,48524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6840 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area53160 Å2
手法PISA
2
B: Protein-arginine deiminase type-3
A: Protein-arginine deiminase type-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,04924
ポリマ－149,6582
非ポリマー1,39122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area52470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.577, 115.343, 127.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 34 or (resid 35...
21(chain B and (resid 1 through 157 or (resid 158...
31(chain C and (resid 1 through 34 or (resid 35...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 34 or (resid 35...AC1 - 341 - 34
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 1 through 34 or (resid 35...AC3535
13METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 34 or (resid 35...AC1 - 6641 - 664
14METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 34 or (resid 35...AC1 - 6641 - 664
15METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 34 or (resid 35...AC1 - 6641 - 664
21METMETASPASP(chain B and (resid 1 through 157 or (resid 158...BB1 - 1571 - 157
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 1 through 157 or (resid 158...BB158158
23METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 157 or (resid 158...BB1 - 6641 - 664
24METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 157 or (resid 158...BB1 - 6641 - 664
25METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 157 or (resid 158...BB1 - 6641 - 664
26METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 157 or (resid 158...BB1 - 6641 - 664
31METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 34 or (resid 35...CA1 - 341 - 34
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 1 through 34 or (resid 35...CA3535
33METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 34 or (resid 35...CA1 - 6641 - 664
34METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 34 or (resid 35...CA1 - 6641 - 664
35METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 34 or (resid 35...CA1 - 6641 - 664
36METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 34 or (resid 35...CA1 - 6641 - 664

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 CBA

#1: タンパク質 Protein-arginine deiminase type-3 / Peptidylarginine deiminase III / Protein-arginine deiminase type III


分子量: 74829.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI3, PAD3, PDI3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULW8, protein-arginine deiminase

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非ポリマー , 6種, 47分子

#2: 化合物 ChemComp-BFB / N-[(1S)-1-(AMINOCARBONYL)-4-(ETHANIMIDOYLAMINO)BUTYL]BENZAMIDE / (S)-N-ALPHA-BENZOYL-N5-(2-FLUORO-1-IMINOETHYL)-L-ORNITHINE AMIDE


分子量: 276.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, pH 7.5, PEG 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→49.363 Å / Num. obs: 41732 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.523 % / Biso Wilson estimate: 71.192 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 16.66 / Num. measured all: 147011
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.17-3.373.5740.3923.2123493674865740.9240.46197.4
3.37-3.63.6210.2095.7522789631362940.9750.24599.7
3.6-3.883.5550.1219.4320948591258930.9890.14399.7
3.88-4.253.3650.07214.2518375548354600.9980.08699.6
4.25-4.753.3270.04621.6416306492449010.9980.05599.5
4.75-5.483.4010.03925.0814731435843320.9980.04799.4
5.48-6.693.7680.0427.6414023374037220.9980.04799.5
6.69-9.373.70.02936.6610668289828830.9990.03399.5
9.37-49.3633.3940.02248.695678171716730.9990.02697.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D4Y

7d4y


解像度: 3.175→49.363 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2969 2087 5.01 %
Rwork0.2422 39584 -
obs0.245 41671 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 200.64 Å2 / Biso mean: 91.7923 Å2 / Biso min: 45.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.175→49.363 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14820 0 105 13 14938
Biso mean--89.99 53.43 -
残基数----1912
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8810X-RAY DIFFRACTION8.973TORSIONAL
12B8810X-RAY DIFFRACTION8.973TORSIONAL
13C8810X-RAY DIFFRACTION8.973TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.175-3.24860.37561300.3369244894
3.2486-3.32980.40891390.3092640100
3.3298-3.41980.32951380.2822618100
3.4198-3.52040.35641410.29462671100
3.5204-3.6340.35671380.28742634100
3.634-3.76390.3181410.27682660100
3.7639-3.91450.30881380.25642627100
3.9145-4.09260.34191390.26732636100
4.0926-4.30820.31571400.23512652100
4.3082-4.5780.28381380.21052630100
4.578-4.93110.25581400.21372667100
4.9311-5.42680.29151390.21372638100
5.4268-6.21080.29741400.23842664100
6.2108-7.81990.27871420.24912690100
7.8199-49.3630.24451440.2123270999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.6326 Å / Origin y: -30.4245 Å / Origin z: 54.8947 Å
111213212223313233
T0.5405 Å20.0279 Å20.0177 Å2-0.6831 Å20.0846 Å2--0.551 Å2
L0.1931 °20.1067 °20.04 °2-0.1329 °2-0.1002 °2--0.9508 °2
S0.0778 Å °0.0086 Å °0.016 Å °0.0176 Å °0.1079 Å °0.0765 Å °0.0054 Å °-0.3641 Å °-0.1846 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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