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- PDB-7d4r: SpuA native structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d4r
タイトルSpuA native structure
要素Probable glutamine amidotransferase
キーワードHYDROLASE / SpuA / gama-glutamyl-gama-aminobutyrate hydrolase / Pseudomonas aeruginosa PAO1.
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase activity / spermidine catabolic process / polyamine catabolic process / glutamine metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase C26, gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase PuuD-like / Peptidase C26 / Peptidase C26 / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable glutamine amidotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, Y. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure and mechanism of the gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase SpuA from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Chen, Y. / Jia, H. / Zhang, J. / Liang, Y. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable glutamine amidotransferase
B: Probable glutamine amidotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0614
ポリマ－53,0122
非ポリマー492
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.769, 72.625, 63.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.986, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Probable glutamine amidotransferase


分子量: 26506.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: spuA, PA0297 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I6J4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M BIS-Tris pH 6.8, 30% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 55668 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.16 Å2 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 2361 / Rpim(I) all: 0.221 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VPI

2vpi


解像度: 1.6→40.96 Å / SU ML: 0.2042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.7885
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 1997 3.59 %
Rwork0.1907 53616 -
obs0.1922 55613 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3359 0 2 343 3704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00973438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04594679
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0587525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1261474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.33441220.28573271X-RAY DIFFRACTION83.35
1.64-1.680.31411340.28313612X-RAY DIFFRACTION93.84
1.68-1.730.33841400.27143794X-RAY DIFFRACTION97.84
1.73-1.790.29261460.25263891X-RAY DIFFRACTION99.43
1.79-1.850.24971440.22913869X-RAY DIFFRACTION99.5
1.85-1.930.29561450.22393899X-RAY DIFFRACTION99.63
1.93-2.020.23131440.20713871X-RAY DIFFRACTION99.68
2.02-2.120.24981460.20553904X-RAY DIFFRACTION99.8
2.12-2.260.23631450.19893884X-RAY DIFFRACTION99.58
2.26-2.430.22361450.18683906X-RAY DIFFRACTION99.88
2.43-2.670.22321460.18653921X-RAY DIFFRACTION99.78
2.67-3.060.2351450.19223901X-RAY DIFFRACTION99.7
3.06-3.850.22851460.17293917X-RAY DIFFRACTION99.75
3.86-40.960.18731490.15813976X-RAY DIFFRACTION99.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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