+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7d2s | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Rsu1/PINCH1_LIM5C complex | ||||||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / Leucine Rich Repeat | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Cell-extracellular matrix interactions / cell-cell junction organization / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / establishment of protein localization ...Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Cell-extracellular matrix interactions / cell-cell junction organization / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / establishment of protein localization / positive regulation of GTPase activity / cell-cell adhesion / cell-cell junction / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.653 Å | ||||||||||||
Authors | Yang, H. / Wei, Z. / Cong, Y. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2021 Title: Complex structures of Rsu1 and PINCH1 reveal a regulatory mechanism of the ILK/PINCH/Parvin complex for F-actin dynamics. Authors: Yang, H. / Lin, L. / Sun, K. / Zhang, T. / Chen, W. / Li, L. / Xie, Y. / Wu, C. / Wei, Z. / Yu, C. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7d2s.cif.gz | 133.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7d2s.ent.gz | 102.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7d2s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7d2tC 7d2uC 4u06S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24699.371 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-215 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RSU1, RSP1 / Plasmid: pFastbac / Cell line (production host): Sf9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q15404 | ||||||
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#2: Protein | Mass: 9148.917 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 249-325 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LIMS1, PINCH, PINCH1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P48059 | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.53 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M Bicine pH8.5, 20% w/v PEG10000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 46579 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 23.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 623057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4U06 Resolution: 1.653→50 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.11 Å2 / Biso mean: 32.8943 Å2 / Biso min: 15.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.653→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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