PDB-7d2s: Crystal structure of Rsu1/PINCH1_LIM5C complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d2s

タイトル

Crystal structure of Rsu1/PINCH1_LIM5C complex

要素

LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1
Ras suppressor protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

Leucine Rich Repeat (ロイシンリッチリピート)

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Cell-extracellular matrix interactions / cell-cell junction organization / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / establishment of protein localization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.653 Å

データ登録者

Yang, H. / Wei, Z. / Cong, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31870757	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31971131	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31770791	中国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Complex structures of Rsu1 and PINCH1 reveal a regulatory mechanism of the ILK/PINCH/Parvin complex for F-actin dynamics.
著者: Yang, H. / Lin, L. / Sun, K. / Zhang, T. / Chen, W. / Li, L. / Xie, Y. / Wu, C. / Wei, Z. / Yu, C.

履歴

登録	2020年9月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d2s.cif.gz	133.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d2s.ent.gz	102.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7d2tC 7d2uC 4u06S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y9h-7 3vc1-2 3vc1-6 1rhc-d 3vc2-7 1uw5-2 3juu-2 4fjo-3 3qm1-d 4gx9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (5) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (5)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (5)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Ras suppressor protein 1

B: LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1

ヘテロ分子

34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.596, 124.596, 50.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Ras suppressor protein 1 / Rsu-1 分子量: 24699.371 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RSU1, RSP1 / プラスミド: pFastbac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q15404
#2: タンパク質	LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1 / Particularly interesting new Cys-His protein 1 / PINCH-1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-48 分子量: 9148.917 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 249-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMS1, PINCH, PINCH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P48059
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.53 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bicine pH8.5, 20% w/v PEG10000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 46579 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 23.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 1.052 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 623057

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
1.65-1.68	12.9	0.931	2321	0.823	0.269	0.969	0.763
1.68-1.71	13.6	0.795	2291	0.864	0.223	0.826	0.773
1.71-1.74	13.6	0.693	2349	0.9	0.194	0.72	0.784
1.74-1.78	13.5	0.589	2291	0.924	0.166	0.612	0.805
1.78-1.82	13.4	0.486	2315	0.947	0.137	0.505	0.83
1.82-1.86	13.1	0.385	2313	0.961	0.11	0.4	0.879
1.86-1.9	12.6	0.328	2311	0.967	0.096	0.342	0.938
1.9-1.96	13.3	0.265	2314	0.981	0.075	0.276	1
1.96-2.01	13.9	0.219	2335	0.987	0.061	0.227	1.106
2.01-2.08	13.8	0.188	2336	0.99	0.053	0.195	1.202
2.08-2.15	13.5	0.163	2283	0.993	0.046	0.169	1.227
2.15-2.24	13	0.144	2331	0.994	0.042	0.15	1.28
2.24-2.34	12.7	0.124	2315	0.994	0.036	0.129	1.377
2.34-2.46	13.9	0.109	2340	0.996	0.03	0.113	1.429
2.46-2.62	13.8	0.1	2323	0.996	0.028	0.103	1.331
2.62-2.82	13.6	0.09	2328	0.995	0.025	0.093	1.214
2.82-3.11	12.9	0.082	2340	0.997	0.024	0.085	1.079
3.11-3.55	14.1	0.073	2348	0.998	0.02	0.076	1.056
3.55-4.48	13	0.064	2379	0.998	0.018	0.066	0.978
4.48-50	13.3	0.063	2416	0.997	0.018	0.066	0.968

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U06

4u06

解像度: 1.653→50 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1845	2355	5.06 %
R_work	0.166	44215	-
obs	0.1669	46570	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.11 Å² / B_iso mean: 32.8943 Å² / B_iso min: 15.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.653→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2175	0	14	187	2376
B_iso mean	-	-	32.17	38.82	-
残基数	-	-	-	-	276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2293
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	3115
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.833	899

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.653-1.6863	0.2714	134	0.2411	2561	97
1.6863-1.7229	0.2443	143	0.2173	2546	100
1.7229-1.763	0.2171	139	0.2153	2606	100
1.763-1.8071	0.2332	134	0.2032	2582	100
1.8071-1.856	0.2313	153	0.1898	2574	100
1.856-1.9106	0.2215	143	0.1861	2583	100
1.9106-1.9722	0.1857	151	0.1668	2560	100
1.9722-2.0427	0.2103	138	0.1698	2606	100
2.0427-2.1245	0.1845	137	0.167	2582	100
2.1245-2.2212	0.1859	142	0.1735	2581	100
2.2212-2.3383	0.2069	137	0.1703	2613	100
2.3383-2.4848	0.1889	149	0.1622	2613	100
2.4848-2.6766	0.1851	139	0.1765	2605	100
2.6766-2.946	0.2009	136	0.1754	2608	100
2.946-3.3721	0.1727	124	0.1699	2634	100
3.3721-4.2481	0.1559	129	0.1443	2641	100
4.2481-50	0.1616	127	0.1505	2720	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7797	0.2337	1.4923	2.9005	1.6781	1.6374	0.0252	0.2251	-1.1871	0.152	0.1171	1.0956	1.3519	-0.8157	-0.1955	0.7663	-0.3591	0.0377	0.5766	-0.102	0.6695	9.6409	8.2788	-32.3753
2	2.0577	-0.3182	-0.7784	2.162	-0.1631	2.0472	-0.1471	0.1496	-0.3628	-0.1004	0.0268	0.1307	0.6359	-0.251	0.0885	0.3169	-0.0691	0.0105	0.1966	-0.016	0.2511	20.006	13.8564	-30.3361
3	3.8654	-0.2484	1.0129	1.8855	-0.2968	3.0583	-0.0272	0.4284	-0.3257	-0.4374	-0.0377	0.2275	0.3747	-0.5502	0.082	0.272	-0.096	-0.02	0.2736	-0.0268	0.1896	17.8819	18.7644	-39.3977
4	1.1565	-0.3144	-0.7099	1.6851	0.2284	4.427	-0.0729	0.2283	0.0929	-0.1001	0.0161	0.0285	0.1522	-0.0452	0.056	0.1303	-0.0437	-0.0079	0.1834	0.0146	0.1655	22.7231	24.2393	-34.1615
5	2.215	0.3259	-0.3638	1.5878	0.3659	3.0473	0.0267	0.1801	0.1086	-0.0525	0.0246	-0.0259	-0.0926	0.0072	-0.0553	0.1429	-0.0219	-0.0033	0.1914	0.0245	0.1707	26.2797	31.607	-32.6599
6	2.2044	-0.2187	0.5534	2.3558	0.4145	3.7447	-0.0738	0.2844	0.5455	-0.1154	0.0405	0.0781	-0.5175	-0.0618	0.0277	0.215	-0.004	0.0061	0.2058	0.079	0.3199	20.9526	43.1915	-32.7633
7	3.2743	0.7196	0.4757	2.8265	-0.4229	3.7941	0.0919	0.1068	0.7327	0.1609	-0.4436	0.0998	-1.3767	0.0965	0.3381	0.5903	-0.0257	-0.0995	0.2486	-0.0134	0.5439	25.3311	51.1241	-22.5051
8	0.7374	0.0056	-0.2833	2.4274	-4.0618	6.9094	0.3211	-0.1006	0.9303	0.1231	0.2495	0.6063	-1.3767	-0.3455	-0.5521	0.9935	0.1668	-0.1099	0.5237	-0.1063	0.9313	20.6513	53.8481	-23.2419
9	7.2134	1.1775	-2.1374	0.9243	-1.0692	2.1941	0.0902	0.2925	0.437	0.0116	-0.0219	-0.1181	-0.1161	0.1944	-0.0194	0.1672	-0.0161	-0.0187	0.5433	0.0523	0.3762	-0.0364	33.6842	-34.1034
10	2.3361	0.0901	1.094	0.1115	-0.1463	0.8727	0.1454	0.1584	0.187	-0.0025	-0.1696	0.2845	0.0106	-0.2557	0.0147	0.1746	-0.0049	-0.006	0.4299	0.0164	0.2927	4.0047	31.1408	-25.7276
11	3.2898	0.2651	0.9159	2.5393	1.1077	1.399	0.2881	-0.5664	-0.0885	0.3344	-0.2386	0.4143	0.1697	-0.712	-0.0487	0.2462	-0.0676	0.0221	0.4516	0.0323	0.2659	6.3466	29.8817	-18.8305
12	3.9928	0.7721	2.1755	2.1041	-0.5002	2.9409	0.0869	-0.4891	0.1472	0.2776	-0.0783	0.2258	-0.0061	-0.3455	-0.0195	0.1974	-0.027	0.0268	0.3258	-0.0071	0.201	17.2925	30.6947	-13.7676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 21 )	A	3 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 56 )	A	22 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 69 )	A	57 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 92 )	A	70 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 93 through 129 )	A	93 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 130 through 186 )	A	130 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 187 through 196 )	A	187 - 196
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 197 through 208 )	A	197 - 208
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 249 through 262 )	B	249 - 262
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 263 through 282 )	B	263 - 282
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 283 through 296 )	B	283 - 296
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 297 through 318 )	B	297 - 318

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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