PDB-7d19: Crystal structure of mouse Cryptochrome 1 in complex with compoun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d19

タイトル

Crystal structure of mouse Cryptochrome 1 in complex with compound TH129

要素

Cryptochrome-1

キーワード

CIRCADIAN CLOCK PROTEIN / Cryptochrome / CRY / CRY1 / clock

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / regulation of DNA damage checkpoint / response to glucagon / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of gluconeogenesis / entrainment of circadian clock by photoperiod / E-box binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Miller, S.A. / Hirota, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Photopharmacological Manipulation of Mammalian CRY1 for Regulation of the Circadian Clock.
著者: Kolarski, D. / Miller, S. / Oshima, T. / Nagai, Y. / Aoki, Y. / Kobauri, P. / Srivastava, A. / Sugiyama, A. / Amaike, K. / Sato, A. / Tama, F. / Szymanski, W. / Feringa, B.L. / Itami, K. / Hirota, T.

履歴

登録	2020年9月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d19.cif.gz	458.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d19.ent.gz	311.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/7d19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/7d19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d1cC 6kx4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6se9-d 7btk-2 6etz-d 6g9w-d 6h1p-d 6zjv-d 1kfu-d 6tn3-d 4mgz-d 6zju-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cryptochrome-1

B: Cryptochrome-1

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, The protein is monomeric in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.139, 81.139, 141.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

#1: タンパク質	Cryptochrome-1 分子量: 57371.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P97784
#2: 化合物	ChemComp-GOC / N-[2-(2,4-dimethylphenyl)-4,6-dihydrothieno[3,4-c]pyrazol-3-yl]-4-(phenylcarbonyl)benzamide 分子量: 453.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₃N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.15-0.35 M NH4Cl, 30% w/v PEG 3350, 3% v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→62.78 Å / Num. obs: 43127 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 39.49 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 6262 / CC_1/2: 0.771 / R_pim(I) all: 0.298 / R_rim(I) all: 0.569 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
REFMAC	5.8.0257	精密化
xia2	0.6.467	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KX4

6kx4

解像度: 2.35→40.57 Å / SU ML: 0.2381 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.6881
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2301	2271	5.27 %
R_work	0.189	40792	-
obs	0.1912	43063	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→40.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7338	0	66	135	7539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	7615
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7894	10400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0475	1129
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	1345
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.7927	1044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.41	0.2844	122	0.2235	2532	X-RAY DIFFRACTION	96.93
2.41-2.46	0.3006	150	0.2228	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.46-2.52	0.2509	119	0.2139	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.52-2.59	0.2904	137	0.2108	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.59-2.67	0.2277	192	0.2096	2447	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.67-2.75	0.2421	138	0.2071	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.75-2.85	0.3046	110	0.2156	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.85-2.97	0.267	158	0.2099	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.97-3.1	0.2353	156	0.1974	2542	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.1-3.27	0.2648	144	0.2052	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.27-3.47	0.2202	162	0.1992	2499	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.47-3.74	0.1774	129	0.1824	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.11	0.2066	118	0.1643	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.71	0.2244	124	0.1647	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-5.93	0.224	172	0.1914	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.94-40.57	0.2052	140	0.1728	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.69346487659	0.189847113606	-0.929975534523	2.2928842545	0.0456603981621	1.66947548677	-0.0454515721805	-0.100397635497	-0.133532232092	-0.0222504144891	0.00791883149152	0.140791617146	0.0233783060928	0.115593205931	0.00605005757188	0.189826255441	0.00189319406348	0.0216780191052	0.180440807526	0.020932820248	0.214179522249	-10.2978759873	11.5231862748	7.6786339848
2	2.20357226615	-0.866629653914	-0.566131620509	1.35986441617	0.0619952375147	0.704936632652	0.227881059724	0.196199801508	-0.100173062732	-0.416243862019	-0.326144042494	0.443266358887	-0.143717466604	-0.242708268962	0.106441362738	0.398922322553	-0.0160434306894	-0.00186028460122	0.344203868334	-0.0184974827719	0.404876252915	-12.6253030101	13.4145870943	1.32157742933
3	2.22945253894	0.00849476957915	-0.478939732289	2.1638810418	0.0944697590614	2.1347672366	0.0255406715672	0.123519206805	0.138672644295	-0.409324378701	0.061315487422	-0.186423518827	-0.444647804377	0.226603343177	-0.111066925154	0.377867802401	-0.0702378987843	0.0352590816189	0.267369166805	0.0184783430048	0.285572475683	2.17692030746	18.7985877392	-8.74384552643
4	0.464599699909	-0.350282083802	-1.19900117241	1.7846932738	2.21648194815	4.62111139854	-0.38953872651	0.0908149264997	-0.232140815508	-0.0606678979569	0.146234163903	0.204736974382	0.405084848277	0.762932028689	0.360068095489	0.504388962578	-0.0214401697828	-0.00821204540633	0.480281687339	-0.0380656104266	0.35170920313	-4.648055059	2.33420339886	-18.9069142859
5	2.12794599265	-1.6485070086	-0.484504163998	3.32819914107	0.687414859132	1.15566147265	-0.0785690736933	-0.231164030127	0.279922713604	-0.179331074442	0.400064041075	-0.790801794837	-0.0219102990164	0.639045752107	-0.13798764385	0.278928957503	-0.0450862863306	0.0704325392844	0.570950324069	-0.172411084219	0.386675855773	20.9160734682	6.90606305499	-2.14893682549
6	2.11278944549	0.122301601133	-0.323184560884	1.44085347905	0.704165820713	1.67561270453	-0.00911465745906	-0.0581238265733	0.0459258190368	0.0921360220913	-0.0023728852941	0.0853277880018	0.0677766538444	0.0814932084861	-0.00274669023669	0.182939287778	-0.00859950857873	0.0284157790597	0.182246110854	-0.00204201188238	0.219211545026	5.63859077838	62.5019749982	31.759190026
7	0.725566048918	0.815200656358	0.149387479315	1.29243750602	0.451744298482	0.436688720648	0.0543473658604	0.121524554801	0.290925670317	0.159489274524	-0.0640879309895	0.740113265525	-0.246886530542	0.278461408041	-0.0435275822533	0.477608082697	-0.122574834444	0.0303289982822	0.422744603892	-0.092090410932	0.685715752364	-7.55607669068	47.8303835558	18.4135523014
8	1.81927135065	-0.102137208999	0.390141254684	1.63533344003	0.884896668156	2.7522787056	-0.00656076708214	0.287863782065	0.096099784246	-0.263121068128	0.110887760145	-0.0414684413315	-0.0412793069521	0.232866653665	-0.0703208894707	0.254678976111	-0.0319398297095	0.0192787323641	0.356646305869	0.0412805164828	0.270110481899	11.7496339162	57.9984618989	15.2709962361
9	1.84064865704	1.46301595705	0.675894318444	3.92260780171	0.814913881193	1.02600295449	0.102330040739	0.313349875345	-0.579667887598	0.370135788052	0.274406496245	-0.6543123958	0.494051194441	0.34999701086	-0.217002646402	0.454941744621	0.158270171457	-0.112131570203	0.388816337968	-0.159929880507	0.391597265774	16.7818406605	32.3381274712	21.5384487432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 149 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 150 through 195 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 196 through 261 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 262 through 289 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 290 through 492 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 141 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 142 through 171 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 172 through 289 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 290 through 489 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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