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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cyy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabinose isomerase from hybrid AI8 with Adonitol | ||||||
要素 | L-arabinose isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / hybrid / Arabinose isomerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to xylulose 5-phosphate / manganese ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus kaustophilus (バクテリア) Alicyclobacillus sp. TP-7 (バクテリア) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Hoang, N.K.Q. / Dhanasingh, I. / Cao, T.P. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Arabinose isomerase from hyper thermophilic hybrid AI8 with Adonitol 著者: Hoang, N.K.Q. / Dhanasingh, I. / Cao, T.P. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cyy.cif.gz | 580.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cyy.ent.gz | 479.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cyy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cyy_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cyy_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7cyy_validation.xml.gz | 107.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cyy_validation.cif.gz | 145.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cyy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ajtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55947.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimeric protein 由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア), (組換発現) Alicyclobacillus sp. TP-7 (バクテリア), (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア) 遺伝子: araA, GK1904, araA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q5KYP7, UniProt: K0IGW6, UniProt: Q2VMT2, L-arabinose isomerase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-RB0 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 35% (v/v) MPD, 100mM Imidazole/ Hydrochloric acid pH 8.0, 200mM Magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 88026 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.212 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 3.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AJT 解像度: 2.6→48.18 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.27 Å2 / Biso mean: 50.9613 Å2 / Biso min: 22.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→48.18 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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