[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7cwv: Crystal structure of Arabinose isomerase from hyper thermophilic ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cwv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Arabinose isomerase from hyper thermophilic bacterium Thermotoga maritima (TMAI) wt | ||||||
![]() | L-arabinose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / hyperthermophile / Arabinose isomerase | ||||||
Function / homology | ![]() L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to xylulose 5-phosphate / manganese ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hoang, N.K.Q. / Dhanasingh, I. / Cao, T.P. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Arabinose isomerase from hyper thermophilic bacterium Thermotoga maritima (TMAI) wt Authors: Hoang, N.K.Q. / Dhanasingh, I. / Cao, T.P. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 958.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.6 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 204.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 275.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7cx7C ![]() 2ajtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 56736.219 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: araA, TM_0276 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.94 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2%(v/v) Tacsimate pH 8.0, 16% w/v Polyethylene glycol 3350, 100mM Tris pH 8.5, 16% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.53→50 Å / Num. obs: 62046 / % possible obs: 91.9 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.22 / Χ2: 0.632 / Net I/σ(I): 2.8 / Num. measured all: 216134 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2AJT Resolution: 3.53→49.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.802 / SU B: 77.136 / SU ML: 1.097 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.104 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 360.19 Å2 / Biso mean: 110.908 Å2 / Biso min: 5.16 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.53→49.74 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 3.53→3.618 Å / Rfactor Rfree error: 0
|