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万見
- PDB-4r1o: Crystal Structure of Thermophilic Geobacillus kaustophilus L-Arab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r1o
タイトルCrystal Structure of Thermophilic Geobacillus kaustophilus L-Arabinose isomerase
要素L-arabinose isomerase
キーワードISOMERASE / Hexamer / Thermophile / thermostable / AI fold
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / manganese ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10940 / : / : / L-arabinose isomerase central domain / L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase, C-terminal / L-arabinose isomerase, N-terminal domain superfamily / L-arabinose isomerase N-terminal domain / L-arabinose isomerase C-terminal domain / L-fucose/L-arabinose isomerase, C-terminal ...Rossmann fold - #10940 / : / : / L-arabinose isomerase central domain / L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase, C-terminal / L-arabinose isomerase, N-terminal domain superfamily / L-arabinose isomerase N-terminal domain / L-arabinose isomerase C-terminal domain / L-fucose/L-arabinose isomerase, C-terminal / L-fucose isomerase, N-terminal/central domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-arabinose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus HTA426 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Choi, J.M. / Lee, Y.J. / Lee, D.W. / Lee, S.H.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Thermophilic apo L-Arabinose Isomerase from Geobacillus kaustophilus
著者: Choi, J.M. / Lee, Y.J. / Lee, D.W. / Lee, S.H.
履歴
登録2014年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Structure summary
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-arabinose isomerase
B: L-arabinose isomerase
C: L-arabinose isomerase
D: L-arabinose isomerase
E: L-arabinose isomerase
F: L-arabinose isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,8296
ポリマ－337,8296
非ポリマー00
水21,2941182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39340 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area89030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.725, 140.746, 215.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
L-arabinose isomerase


分子量: 56304.891 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus HTA426 (バクテリア)
遺伝子: araA, GK1904 / プラスミド: pET28a(+)-GKAI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5KYP7, L-arabinose isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS RESIDUE IS BASED ON YP_147757 OF GENBANK.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.8M Na-K phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.0015 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 133329 / Num. obs: 133329 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 14.091
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 3.746 / Num. unique all: 6024 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: GKAI with MN

解像度: 2.401→45.323 Å / FOM work R set: 0.8468 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2158 6606 5.01 %Random
Rwork0.1643 ---
obs0.1669 131875 94.85 %-
all-131875 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.6 Å2 / Biso mean: 17.04 Å2 / Biso min: 1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→45.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23661 0 0 1182 24843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09132843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0753473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4218857
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4006-2.42790.30141780.18563410358878
2.4279-2.45650.2822030.18753796399987
2.4565-2.48640.29092130.18723842405589
2.4864-2.51790.26472120.18363937414990
2.5179-2.5510.25322250.18214001422692
2.551-2.5860.26432330.18124013424693
2.586-2.62290.25892110.18194043425493
2.6229-2.66210.26582070.18684102430994
2.6621-2.70360.272150.19274091430694
2.7036-2.7480.25742090.20464122433195
2.748-2.79530.27022310.19814154438595
2.7953-2.84620.26991990.19994212441196
2.8462-2.90090.25262210.19744157437896
2.9009-2.96010.27592170.20454186440396
2.9601-3.02450.24612030.20394219442296
3.0245-3.09480.26362270.19994205443296
3.0948-3.17220.26752200.18924270449097
3.1722-3.25790.25422110.18234291450297
3.2579-3.35380.2182160.15914232444897
3.3538-3.4620.1952210.14714267448897
3.462-3.58570.19322480.14394285453398
3.5857-3.72920.17182040.13674324452898
3.7292-3.89880.17392280.12544309453798
3.8988-4.10420.16462250.12044299452498
4.1042-4.36120.15712520.12694305455798
4.3612-4.69760.15712560.11994351460798
4.6976-5.16970.16941990.13014425462499
5.1697-5.91640.20152440.15164443468799
5.9164-7.44860.21412520.17754453470599
7.4486-45.33120.20832260.20754525475196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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