+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cx7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Arabinose isomerase from hybrid AI8 | ||||||
![]() | L-arabinose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / hybrid / Arabinose isomerase | ||||||
Function / homology | ![]() L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to xylulose 5-phosphate / manganese ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hoang, N.K.Q. / Dhanasingh, I. / Cao, T.P. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Arabinose isomerase from hyper thermophilic bacterium Thermotoga maritima (TMAI) wt Authors: Hoang, N.K.Q. / Dhanasingh, I. / Cao, T.P. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 582.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 480.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 4.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 107.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 147 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7cwvC ![]() 2ajtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 55947.586 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Chimeric protein Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: araA, GK1904, araA / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q5KYP7, UniProt: K0IGW6, UniProt: Q2VMT2, L-arabinose isomerase #2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.92 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 35% (v/v) MPD, 100mM Imidazole/ Hydrochloric acid pH 8.0, 200mM Magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.49→50 Å / Num. obs: 97080 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 0.563 / Net I/σ(I): 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2AJT Resolution: 2.49→48.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 13.144 / SU ML: 0.284 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.347 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 148.6 Å2 / Biso mean: 46.375 Å2 / Biso min: 17.19 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.49→48.59 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.492→2.557 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|