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- PDB-7cx5: Crystal structure of the DNA-binding domain of Bacillus subtilis CssR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cx5
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of Bacillus subtilis CssR
要素Transcriptional regulatory protein CssR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / two-component system / response regulator / DNA binding domain / envelope stress
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein CssR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Dahal, P. / Kim, D.Y. / Kwon, E.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the DNA-binding domain of Bacillus subtilis CssR.
著者: Dahal, P. / Kim, D.Y. / Kwon, E.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulatory protein CssR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1561
ポリマ－11,1561
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)29.410, 52.740, 58.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulatory protein CssR


分子量: 11155.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: cssR, BSU33010 / プラスミド: pETDeut-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32192
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 2 M Lithium sulfate, 2% (v/v) PEG400, and 0.1 M Tris/HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→39.32 Å / Num. obs: 41035 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.75 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.07→1.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.655 / Num. unique obs: 2021

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.07→39.32 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 2040 4.98 %
Rwork0.1944 38933 -
obs0.1949 40973 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 39.28 Å2 / Biso mean: 12.3468 Å2 / Biso min: 4.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.07→39.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数745 0 0 137 882
Biso mean---20.9 -
残基数----88
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.07-1.090.3511210.35312559268098
1.09-1.120.37921460.29412557270398
1.12-1.150.2591420.2492510265298
1.15-1.180.21751410.2182606274799
1.18-1.220.19641440.20412568271299
1.22-1.260.20311410.1862560270199
1.26-1.310.20021270.17882586271398
1.31-1.370.19791380.18042582272099
1.37-1.450.19691350.17642574270998
1.45-1.540.19591320.17062597272998
1.54-1.660.17591200.172599271998
1.66-1.820.1951400.1762615275599
1.82-2.090.19021290.18392639276898
2.09-2.630.19111420.18782640278298
2.63-39.320.20031420.19962741288397
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.9 Å / Origin y: 4.209 Å / Origin z: 8.6359 Å
111213212223313233
T0.0616 Å20.0053 Å20.0041 Å2-0.0578 Å20.0037 Å2--0.0573 Å2
L0.3109 °2-0.0402 °20.1213 °2-0.2153 °2-0.1453 °2--0.44 °2
S-0.0011 Å °-0.0179 Å °-0.0187 Å °-0.0023 Å °-0.0129 Å °0.0343 Å °0.0481 Å °0.0189 Å °-0.0072 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA136 - 223
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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