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Yorodumi- PDB-7cvt: Crystal structure of the C85A/L194A/H234C mutant CLC-ec1 with Fab... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7cvt | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the C85A/L194A/H234C mutant CLC-ec1 with Fab fragment | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / CLC / Chloride / Dimer interface | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationplasma membrane => GO:0005886 / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transporter activity / antiporter activity Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Park, K. / Mersch, K. / Robertson, J. / Lim, H.-H. | ||||||
| Funding support | Korea, Republic Of, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2021Title: Altering CLC stoichiometry by reducing non-polar side-chains at the dimerization interface. Authors: Mersch, K. / Ozturk, T.N. / Park, K. / Lim, H.H. / Robertson, J.L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7cvt.cif.gz | 684.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7cvt.ent.gz | 575.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7cvt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7cvt_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7cvt_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 7cvt_validation.xml.gz | 62.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 7cvt_validation.cif.gz | 84.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/7cvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/7cvt | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7cvsC ![]() 4eneS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 50281.254 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C85A, L194A, H234C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23823.031 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23088.443 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Chemical | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.78 Å3/Da / Density % sol: 67.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9.5 Details: 25% (w/v) PEG 400 100mM Glycine, pH 9.5 100mM Li2NO3 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 77.36 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 27, 2018 |
| Radiation | Monochromator: DCM Si (111) Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 63778 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 5 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 36.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 2.064 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique obs: 3059 / CC1/2: 0.516 / % possible all: 96 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4ENE Resolution: 2.9→50 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.42 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→50 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
Korea, Republic Of, 1items
Citation





















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