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- PDB-7cvs: Crystal structure of the C85A/L194A mutant CLC-ec1 with Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cvs
タイトルCrystal structure of the C85A/L194A mutant CLC-ec1 with Fab fragment
要素
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
  • antibody Fab fragment heavy chain
  • antibody Fab fragment light chain
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CLC / Chloride / Dimer interface
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane => GO:0005886 / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transporter activity / antiporter activity
類似検索 - 分子機能
Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli MS 198-1 (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Park, K. / Mersch, K. / Robertson, J. / Lim, H.-H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science, ICT and Future Planning (MSIP)20-BR-01-05 韓国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Altering CLC stoichiometry by reducing non-polar side-chains at the dimerization interface.
著者: Mersch, K. / Ozturk, T.N. / Park, K. / Lim, H.H. / Robertson, J.L.
履歴
登録2020年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: antibody Fab fragment heavy chain
D: antibody Fab fragment light chain
E: antibody Fab fragment heavy chain
F: antibody Fab fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,59710
ポリマ－194,4556
非ポリマー1424
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)232.909, 96.721, 170.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.653, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 20 - 457 / Label seq-ID: 20 - 457

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain 'A' and resid 20 through 458)AA
2(chain 'B' and resid 20 through 458)BB

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA


分子量: 50316.258 Da / 分子数: 2 / 変異: C85A, L194A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli MS 198-1 (大腸菌)
遺伝子: clcA, eriC, HMPREF9552_04837 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XDR7
#2: 抗体 antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 antibody Fab fragment light chain


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 29% (w/v) PEG400 100 mM Hepes-NaOH (pH 7.0) 200 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月8日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.005→33.96 Å / Num. obs: 54754 / % possible obs: 96.45 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 93.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 3.005→3.05 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.842 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 2148 / Rpim(I) all: 0.84 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ENE

4ene


解像度: 3.01→33.96 Å / SU ML: 0.3992 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.7803 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2551 2720 4.97 %random
Rwork0.2005 51974 --
obs0.2031 54694 96.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 111.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→33.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13235 0 4 0 13239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003913563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.707318468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04412121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00572318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.43927922
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.01-3.060.4381310.36722171X-RAY DIFFRACTION78.19
3.06-3.120.39571540.32632771X-RAY DIFFRACTION98.19
3.12-3.180.321630.29682710X-RAY DIFFRACTION97.92
3.18-3.250.31281300.27342776X-RAY DIFFRACTION98.44
3.25-3.330.33391570.25792828X-RAY DIFFRACTION98.65
3.33-3.410.31581360.24172777X-RAY DIFFRACTION99.05
3.41-3.50.25431340.22062817X-RAY DIFFRACTION99.36
3.5-3.610.26741500.21612795X-RAY DIFFRACTION99.7
3.61-3.720.28021460.20932840X-RAY DIFFRACTION99.53
3.72-3.850.29081610.22767X-RAY DIFFRACTION99.9
3.85-4.010.26411360.19062862X-RAY DIFFRACTION99.8
4.01-4.190.24251390.1862814X-RAY DIFFRACTION99.66
4.19-4.410.23121230.16112819X-RAY DIFFRACTION98.82
4.41-4.690.21171720.15562761X-RAY DIFFRACTION98.36
4.69-5.050.18121330.15412814X-RAY DIFFRACTION98.07
5.05-5.550.24081530.16382767X-RAY DIFFRACTION98.45
5.55-6.350.22251550.18382835X-RAY DIFFRACTION99.2
6.35-7.990.19311330.20092788X-RAY DIFFRACTION96.37
7.99-33.960.31541140.22652262X-RAY DIFFRACTION76.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.00579607447921-0.07351157645360.07465335772881.268974630231.668433802881.566288260090.104976007143-0.596472967836-0.761702853270.1502342528810.0789971214281-0.252940077549-0.02888425083430.184592432889-0.0170671160040.671516501714-0.00903777662759-0.01651905365311.241417887470.1473946044820.928010929919278.6384605382.5120800312124.3011348097
20.7989978692460.8855713239351.199459971452.140172241061.777589794761.77357161487-0.300569637135-0.101695623104-0.0984019748291-0.513714427944-0.04909899621110.0181728652174-0.02428638780160.206704633975-0.07441139992260.9034454171640.2794225898690.001758966884150.9852273535670.005802727722571.1348809768276.298318972-8.061605191385.71355410466
31.33697551958-0.3334266972340.3966018874631.837541921470.5866828358591.52709904685-0.0701540144815-0.146472857498-0.428150760503-0.0499138201991-0.030526629659-0.03398548168640.4250792932670.9733666821440.0008692925878270.7281634259570.1996993910070.01183646486361.101233775020.1633660734150.903028417954279.796101063-3.7114727746826.381752631
40.981687542218-0.006552262049690.5838942571410.245251293746-0.6704854777210.6236103138820.204916714911-0.7670298180420.115348313888-0.581792169846-0.2186179055110.392147759810.175608008487-0.0192796629843-0.0001665771606881.024160998180.0860842073824-0.06965517957790.9357848814540.07370509340721.03530325996266.7164687569.1724923024822.7719699834
51.58822377747-0.960913441846-1.123010550791.162375426060.3501372241883.81953085666-0.1053853001280.0231427406983-0.551556809106-0.2172958406180.08142685415390.3678692192130.200391265068-0.1054101896430.0001419822038440.7414745337630.0830875041963-0.05836244944870.5901591875530.01024995529471.07646266143256.528182451-9.2798932777914.4994255916
60.702317161578-0.876746690672-0.3328436958170.5481815336980.7827274176041.149513087260.03524901449020.0592321159563-0.04842956172710.4104676582670.0730175918174-0.3466043314270.4055495277730.0771323721032-0.00047731608880.7607934377670.171391996711-0.02343179337630.8459150266540.1223266575741.26156968829264.7828634-15.707942764325.7119748831
71.62449608871-0.866565382847-0.4931863417222.21689024906-0.4115100106723.98175820269-0.581140522173-0.28352002379-0.7013935555591.22295707695-0.171541844380.549476929950.934171834069-0.553204764195-0.2627556501160.7506959758940.09440941783630.06532975750291.096795791580.4119450159071.0781639466257.111636688-7.0597889416446.2047341707
81.07720315080.9308405489750.9786149404271.469602028730.5960918552950.749825692701-0.0584446521192-0.771374556187-0.6285027481790.304970671075-0.1078488517580.01725264994080.0130894999717-0.08097917092640.1326511984521.18841989590.2817738718020.1180229662341.49599050920.514620984540.845739258267258.3705747624.4770505164164.1976361065
91.411664206150.1994789222410.3416852879790.680930158453-0.6116710450240.5946439174840.0924377406901-0.0827983395075-0.1118923960450.247719557696-0.0632088499505-0.475240067246-0.004415242915720.300033013680.0001201563984940.892565822340.212807490561-0.03336469649341.057290910250.3329453848661.03815972622263.402808803-8.5542274456148.1400968299
100.9182688631970.798244525882-0.4861999464220.815687408949-0.6208697125310.43220453275-0.0419840639010.0301932940376-0.322462349206-0.0576706018320.0517484865233-0.0393438607433-0.0862571442794-0.2557529828060.0003968567866921.001304936460.27111583140.01070032303961.224210410160.2271912658140.942708494616252.4678904443.5456720024138.9466395047
110.3186977154730.590552891176-0.8691758313870.519913732036-0.1839985774882.161985091050.0383916394471-0.304033982003-0.02024937449890.562190079616-0.03980368228980.0384357720968-1.10509348953-0.00924694326974-0.0002753051654111.283245633010.144525983041-0.07690538637711.406753870710.1272189787280.74158627914266.6378452217.811839750555.1891740573
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 146 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 214 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 215 through 248 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 249 through 418 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 419 through 460 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 17 through 70 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 71 through 146 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 147 through 214 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 215 through 248 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 249 through 356 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 357 through 394 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 395 through 458 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 60 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 61 through 127 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 128 through 142 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 143 through 222 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1 through 25 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 26 through 74 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 75 through 127 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 128 through 211 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 2 through 119 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 120 through 222 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 112 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 113 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る