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- PDB-7cuf: Crystal Structure of Urate Oxidase from Bacillus sp. TB-90 in the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cuf
タイトルCrystal Structure of Urate Oxidase from Bacillus sp. TB-90 in the absence from Chloride Anion at 1.44 A resolution
要素Uric acid degradation bifunctional protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalytic mechanism / water structure / enzyme kinetics / enzyme structure / conformational flexibility / quasi-stable water molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / allantoin metabolic process / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, type 1 / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase superfamily / OHCU decarboxylase / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase
類似検索 - ドメイン・相同性
8-AZAXANTHINE / 2-METHOXYETHANOL / OXYGEN MOLECULE / Uric acid degradation bifunctional protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Hibi, T. / Itoh, T.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Identification of quasi-stable water molecules near the Thr73-Lys13 catalytic diad of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase by X-ray crystallography with controlled humidity.
著者: Hibi, T. / Itoh, T.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Intersubunit salt bridges with a sulfate anion control subunit dissociation and thermal stabilization of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase.
著者: Hibi, T. / Hayashi, Y. / Fukada, H. / Itoh, T. / Nago, T. / Nishiya, Y.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Hyperstabilization of Tetrameric Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase by Introducing Disulfide Bonds through Structural Plasticity.
著者: Hibi, T. / Kume, A. / Kawamura, A. / Itoh, T. / Fukada, H. / Nishiya, Y.
履歴
登録2020年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uric acid degradation bifunctional protein
B: Uric acid degradation bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,61515
ポリマ－71,6472
非ポリマー96913
水12,574698
1
A: Uric acid degradation bifunctional protein
B: Uric acid degradation bifunctional protein
ヘテロ分子

A: Uric acid degradation bifunctional protein
B: Uric acid degradation bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,23130
ポリマ－143,2934
非ポリマー1,93826
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area28440 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area42230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.622, 133.850, 145.391
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uric acid degradation bifunctional protein / Urate oxidase


分子量: 35823.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain TB-90) (バクテリア)
株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
参照: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase

-
非ポリマー , 6種, 711分子

#2: 化合物 ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン


分子量: 153.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-MXE / 2-METHOXYETHANOL / 2-メトキシエタノ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 16%(w/v) PEG 8000, 0.1M Tris/H2SO4, pH 8.3, 0.09 M K2SO4, 2mM 8-azaxanthine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 120337 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 16.4 % / Biso Wilson estimate: 18.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.46→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3561 / CC1/2: 0.845 / Rrim(I) all: 0.574 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WLV

3wlv


解像度: 1.46→40.14 Å / SU ML: 0.2035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.0051
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 6017 5 %
Rwork0.1992 114309 -
obs0.2007 120326 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→40.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4799 0 63 698 5560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00965051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09376853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081873
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4794683
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.470.33571780.31753383X-RAY DIFFRACTION87.9
1.47-1.490.34371920.31233642X-RAY DIFFRACTION94.92
1.49-1.510.32351900.30153625X-RAY DIFFRACTION95.35
1.51-1.530.2961950.27943696X-RAY DIFFRACTION95.44
1.53-1.550.30771950.27173706X-RAY DIFFRACTION96.61
1.55-1.570.28181940.2723681X-RAY DIFFRACTION95.96
1.57-1.590.30261930.27183672X-RAY DIFFRACTION96.58
1.59-1.610.31051970.27323745X-RAY DIFFRACTION97.38
1.61-1.640.25981990.26443771X-RAY DIFFRACTION97.88
1.64-1.670.3261990.27673783X-RAY DIFFRACTION98.56
1.67-1.690.27792010.25713817X-RAY DIFFRACTION99.41
1.69-1.730.28892000.25953808X-RAY DIFFRACTION99.58
1.73-1.760.28282020.24823841X-RAY DIFFRACTION99.8
1.76-1.790.28192020.24473838X-RAY DIFFRACTION99.85
1.79-1.830.27572020.25353828X-RAY DIFFRACTION99.98
1.83-1.880.29462040.24453881X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.920.2772020.23833836X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.970.25552030.22573849X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.030.2522020.22553849X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.10.24892040.21613869X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.170.23012040.20813874X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.260.21992020.19693852X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.360.25372040.19523861X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.490.22992060.19723912X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.640.242030.1923874X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.850.23062070.18723921X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.130.20392040.18283883X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.590.19412070.16153939X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.520.17992090.14133966X-RAY DIFFRACTION99.98
4.52-40.140.18152170.16634107X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.417909045161-0.253676668811-0.1547905537620.65806178809-0.06302022555130.8664941583460.1462560672730.110527251439-0.105097283365-0.150816912908-0.09155058599830.09869992100610.0841616573576-0.109240524792-0.05169293419150.2227283959540.00676341900934-0.05484043209510.147912419893-0.03168129512120.173969505525-11.1725165264-18.9991422608-43.5530751924
20.986994589915-0.210354907176-0.06865087988491.35511828983-0.6396271587081.597457983230.1265433759240.101333257679-0.17335952856-0.131987134241-0.09034667262290.1109793470130.16456339472-0.0623095268955-0.04705912651470.2426355582950.00217521682207-0.06484630980580.131721136289-0.02988094334020.202371822622-12.588608012-24.4805387369-43.4544278251
30.578131680446-0.3021183005-0.02572775633620.6624562234420.1947036998380.5204735401480.1080998756280.135908236097-0.0490450489691-0.0873229519172-0.05079148552650.03741233144750.103214430892-0.0462021305973-0.05858494574820.2029826461610.0346265257215-0.02622625611340.1543340040220.002160509343940.128404492036-10.1413052054-4.18091780092-50.5104127046
40.455546139886-0.07945241813890.1067498009511.948606557540.6946971794781.300036002720.1251672827720.126568241715-0.0316229531064-0.220981154434-0.1183266478550.06900843185760.0183919879411-0.109405363012-0.008252736292130.2021053427740.0708730705495-0.01076718551220.221891937915-0.002902274199260.169882667878-19.36847283242.02253177313-53.6193793264
52.245798868750.6437842271230.4398981813341.474138754490.4761124350771.341937807050.04084371085610.1394227574940.114615905841-0.261069647461-0.0644284231333-0.0626265518502-0.2185049015710.05004518768820.02386404398450.2132162540460.07266263767390.02195835306030.1486434320810.01674926396790.147097993713-10.711820779615.9956581014-45.5619140231
60.523578147273-0.2944220375570.4268770430860.223712181762-0.3751270625231.246784663450.0111273464478-0.07443209824740.00330249276221-0.002582990313880.0139687209973-0.0292251221123-0.0646950200798-0.118603837056-0.008992591104360.1368413188580.00338058930186-0.003721676398210.156556159161-0.0044742865810.131220309056-15.88645477126.98916064025-16.0295552438
71.05488939731-0.02215293805370.9447186768360.663085372213-0.07020237612262.07431916407-0.01667541821070.0134303328610.0276641411416-0.0781998847068-0.03889198755620.0474103542431-0.014776511629-0.196464682438-0.01990898333990.1533571687840.0405613943080.003649412490510.1695784210180.002576028601430.150127302113-25.618912648912.2574477182-38.0674642034
80.954906945702-0.4555423102660.5637834467971.23869277193-0.5066120555992.185991228240.0254103422506-0.05206972073970.01618516372570.061703449094-0.00106683455170.0547321595703-0.0795275835945-0.128946063348-0.03003234291980.0818498850950.007953327653560.01204612250150.12594027760.004379051456490.122304047064-24.125706092613.2117237305-25.5652510849
92.005885155210.3153691301541.771847287740.9155553925080.3695759655962.678331952240.0468158263453-0.26340273225-0.001863876756770.3233832979240.018798330221-0.127771682576-0.082026035045-0.00312059210152-0.01857087467460.248824720703-0.0100836303871-0.04365191175560.2091260531220.003108105222010.1839603212351.7224702903710.102130972-6.91852720581
100.152795133251-0.155994892544-0.05045094581350.497009619946-0.1201909302810.3000233413050.0382600377836-0.0125446042367-0.0842148531127-0.0124518388962-0.01283697160470.05206709060940.0598472859703-0.059158759007-0.02255061006650.122648072863-0.00643661651447-0.01095206659960.1308952873460.0003125161039590.146168043316-14.5554868981-5.34139258023-22.2334102715
110.834927297551-0.425104242567-0.18413171171.266351634330.6216066698191.415320639360.0321048060573-0.0819448926301-0.0791085539260.03346362730210.02297708995240.03767006190610.0991945896618-0.0786611302677-0.04638975720390.112183128689-0.0267977392632-0.006854960024880.1391374178080.03608541686470.142082533606-14.822413962-12.4590700619-15.5272884837
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131.743949913740.201410566814-0.8252925825590.5500774000130.07198441929241.244927951-0.03799435409810.1037820668140.05764827601710.02954707429260.02017630832990.04343666124210.153769921895-0.1317230880570.03805045245110.168695400516-0.0223136130756-0.01670799433910.119573115685-0.004395378455760.151238231199-7.26067685526-17.0718057527-26.1210674362
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 8 through 72 )AA8 - 721 - 65
22chain 'A' and (resid 73 through 119 )AA73 - 11966 - 112
33chain 'A' and (resid 120 through 192 )AA120 - 192113 - 186
44chain 'A' and (resid 193 through 276 )AA193 - 276187 - 271
55chain 'A' and (resid 277 through 310 )AA277 - 310272 - 305
66chain 'B' and (resid 8 through 43 )BJ8 - 431 - 36
77chain 'B' and (resid 44 through 72 )BJ44 - 7237 - 65
88chain 'B' and (resid 73 through 119 )BJ73 - 11966 - 113
99chain 'B' and (resid 120 through 135 )BJ120 - 135114 - 129
1010chain 'B' and (resid 136 through 192 )BJ136 - 192130 - 189
1111chain 'B' and (resid 193 through 276 )BJ193 - 276190 - 275
1212chain 'B' and (resid 277 through 292 )BJ277 - 292276 - 291
1313chain 'B' and (resid 293 through 310 )BJ293 - 310292 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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