PDB-7csk: A 2:1 stoichiometric complex of anticancer drug Adriamycin bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7csk

タイトル

A 2:1 stoichiometric complex of anticancer drug Adriamycin bound to parallel G-quadruplex DNA [d-(TTGGGGT)]4.

要素

DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')

キーワード

DNA / G-Quadruplex / Parallel stranded G-Quadruplex / Adriamycin / DNA-Drug Complex

機能・相同性

DOXORUBICIN / DNA

機能・相同性情報

生物種

Tetrahymena thermophila (真核生物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Barthwal, R. / Tariq, Z. / Pandav, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A 2:1 stoichiometric complex of anticancer drug Adriamycin bound to parallel G-quadruplex DNA [d-(TTGGGGT)]4.
著者: Barthwal, R. / Tariq, Z. / Pandav, K.

履歴

登録	2020年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7csk.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7csk.ent.gz	170.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7csk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nqj-1 4yud-d 1y47-3 1ovr-3 6qfs-3 5dtc-2 1ec5-2 5dtc-1 2bn3-1 1y47-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36369A 2:1 stoichiometric complex of anticancer drug 4'-Epiadriamycin bound to parallel G-quadruplex DNA [d-(TTGGGGT)]4.

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')

B: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')

C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')

ヘテロ分子

9.82 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(TPTPGPGPGPGPT)-3') 分子量: 2184.444 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila* (真核生物)
#2: 化合物	ChemComp-DM2 / DOXORUBICIN / ADRIAMYCIN / ドキソルビシン分子量: 543.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉NO₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	1D 1H

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1.15 mM DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'), 2.30 mM Adriamycin, 90% H2O/10% D2O
Label: 1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.15 mM	DNA (5'-D(TPTPGPGPGPGP*T)-3')	natural abundance	1
2.30 mM	Adriamycin	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 100 mM / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	16	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化
Amber	16	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	structure calculation
TopSpin	3.6.1	Bruker Biospin	chemical shift assignment
TopSpin	3.6.1	Bruker Biospin	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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