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- PDB-7cmn: Crystal Structure of Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase Improved by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cmn
タイトルCrystal Structure of Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase Improved by Humidity Control at 88% RH.
要素Uric acid degradation bifunctional protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein engineering / enzyme / loop flexibility / entropy of activation
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能
2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, type 1 / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase superfamily / OHCU decarboxylase / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase
類似検索 - ドメイン・相同性
8-AZAXANTHINE / OXYGEN MOLECULE / Uric acid degradation bifunctional protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Hibi, T. / Itoh, T. / Nishiya, Y.
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Flexibility of a Distal Interface Loop Modulates Water Network in the Active Site of Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase
著者: Hibi, T. / Itoh, T. / Nishiya, Y.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Hyperstabilization of Tetrameric Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase by Introducing Disulfide Bonds through Structural Plasticity.
著者: Hibi, T. / Kume, A. / Kawamura, A. / Itoh, T. / Fukada, H. / Nishiya, Y.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Intersubunit salt bridges with a sulfate anion control subunit dissociation and thermal stabilization of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase.
著者: Hibi, T. / Hayashi, Y. / Fukada, H. / Itoh, T. / Nago, T. / Nishiya, Y.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年8月12日ID: 5Z29
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uric acid degradation bifunctional protein
B: Uric acid degradation bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,48513
ポリマ－71,6472
非ポリマー83911
水9,980554
1
A: Uric acid degradation bifunctional protein
B: Uric acid degradation bifunctional protein
ヘテロ分子

A: Uric acid degradation bifunctional protein
B: Uric acid degradation bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,97126
ポリマ－143,2934
非ポリマー1,67722
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area27320 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area41610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.889, 132.912, 144.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uric acid degradation bifunctional protein / Urate oxidase


分子量: 35823.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain TB-90) (バクテリア)
株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
参照: UniProt: Q45697, 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, factor-independent urate hydroxylase

-
非ポリマー , 5種, 565分子

#2: 化合物 ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン


分子量: 153.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.08 M K2SO4, 2 mM 8-azaxthantine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→47.23 Å / Num. obs: 127636 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.14 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 11.67
反射 シェル解像度: 1.42→1.5 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 39778 / CC1/2: 0.829 / Rrim(I) all: 0.502 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WLV

3wlv


解像度: 1.42→47.23 Å / SU ML: 0.1959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.5423
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 6380 5 %
Rwork0.2 121205 -
obs0.2011 127585 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.76 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→47.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4770 0 55 554 5379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87836791
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0774757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.27581786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.430.40572000.36433806X-RAY DIFFRACTION95.15
1.43-1.450.31382120.30984033X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.470.37922120.30124016X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.490.30982130.30074049X-RAY DIFFRACTION99.95
1.49-1.510.31952130.29634045X-RAY DIFFRACTION99.93
1.51-1.530.31482100.2933987X-RAY DIFFRACTION99.98
1.53-1.550.29882120.28564027X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.570.30482120.27924024X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.60.28472120.27784031X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.620.33762130.27744056X-RAY DIFFRACTION99.95
1.62-1.650.29882130.27084033X-RAY DIFFRACTION99.98
1.65-1.680.27642130.26054055X-RAY DIFFRACTION99.98
1.68-1.710.26932110.25044013X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.750.25822120.25014024X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.790.2872140.24594056X-RAY DIFFRACTION99.98
1.79-1.830.28832140.244078X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.24672120.23344017X-RAY DIFFRACTION99.98
1.87-1.930.27912130.22394065X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.980.24012140.22044047X-RAY DIFFRACTION99.98
1.98-2.050.23272140.21124067X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.120.19982120.2074034X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.20.19642140.18774060X-RAY DIFFRACTION99.98
2.2-2.30.19932140.18334069X-RAY DIFFRACTION99.98
2.3-2.430.18872150.17744097X-RAY DIFFRACTION99.98
2.43-2.580.21632140.1854054X-RAY DIFFRACTION99.95
2.58-2.780.20712160.17284111X-RAY DIFFRACTION100
2.78-3.060.17212160.16714107X-RAY DIFFRACTION99.98
3.06-3.50.19592180.16344125X-RAY DIFFRACTION99.91
3.5-4.410.18242150.15564098X-RAY DIFFRACTION98.47
4.41-47.230.2032070.18313921X-RAY DIFFRACTION90.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.1958172422 Å / Origin y: -4.11789301686 Å / Origin z: -33.7007861459 Å
111213212223313233
T0.130143973336 Å2-0.0419584725803 Å2-0.0129085410782 Å2-0.286963952626 Å2-0.0382959199871 Å2--0.10808021757 Å2
L1.20048344178 °2-0.0343028457802 °20.00213807846331 °2-0.498830209146 °28.95631633046E-5 °2--0.497737742605 °2
S-0.0466163578694 Å °0.499776034462 Å °-0.103821223738 Å °-0.0706965859753 Å °0.0477828305346 Å °0.0744074945383 Å °0.0116465874064 Å °-0.0524245445074 Å °0.00113941361793 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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