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- PDB-7cin: Crystal structure of the extended-spectrum class C beta-lactamase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cin
タイトルCrystal structure of the extended-spectrum class C beta-lactamase AmpC BER with the ordered R2 loop
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Class C beta-lactamase / wild-type AmpC BER / two amino acid insertion in the R2 loop / ordered R2 loop
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79006366468 Å
データ登録者Jeong, B.G. / Cha, S.S.
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of AmpC BER and molecular docking lead to the discovery of broad inhibition activities of halisulfates against beta-lactamases.
著者: Jeong, B.G. / Na, J.H. / Bae, D.W. / Park, S.B. / Lee, H.S. / Cha, S.S.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4005
ポリマ－81,1122
非ポリマー2883
水9,728540
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7483
ポリマ－40,5561
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14950 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6522
ポリマ－40,5561
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.854, 64.484, 176.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEHISHIS(chain A and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...AA5 - 1011 - 16
12THRTHRGLUGLU(chain A and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...AA12 - 19318 - 199
13ASNASNPROPRO(chain A and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...AA195 - 237201 - 243
14ASPASPASPASP(chain A and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...AA239 - 242245 - 248
15THRTHRILEILE(chain A and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...AA244 - 249250 - 255
16LEULEUASPASP(chain A and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...AA251 - 278257 - 284
17ALAALAVALVAL(chain A and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...AA293 - 297299 - 303
18ALAALAGLNGLN(chain A and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...AA299 - 360305 - 366
29ILEILEHISHIS(chain B and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...BB5 - 1011 - 16
210THRTHRGLUGLU(chain B and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...BB12 - 19318 - 199
211ASNASNPROPRO(chain B and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...BB195 - 237201 - 243
212ASPASPASPASP(chain B and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...BB239 - 242245 - 248
213THRTHRILEILE(chain B and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...BB244 - 249250 - 255
214LEULEUASPASP(chain B and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...BB251 - 278257 - 284
215ALAALAVALVAL(chain B and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...BB293 - 297299 - 303
216ALAALAGLNGLN(chain B and (resseq 5:10 or resseq 12:193 or resseq...BB299 - 360305 - 366

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 40556.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ampC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7TUE6, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris pH 5.5, 25% polyethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月4日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 63935 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 17.5929799864 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 48.62
反射 シェル解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 6.766 / Num. unique obs: 2979 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Coot0.8.9モデル構築
PHENIX1.10.1_2155精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ggw

5ggw


解像度: 1.79006366468→44.257948039 Å / SU ML: 0.202379179681 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.57959246439 / 位相誤差: 18.9390301581
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211489334734 3247 5.08177478676 %
Rwork0.171071912642 60648 -
obs0.173138661665 63895 96.408902301 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.0000327727 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79006366468→44.257948039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5514 0 15 540 6069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005877633500245696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8525390500217784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551029486595835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006484508205381001
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.50910473033346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7901-1.81680.2820104953011460.2360647291042462X-RAY DIFFRACTION92.7453769559
1.8168-1.84520.2722035024531460.2252698967482488X-RAY DIFFRACTION91.4901007294
1.8452-1.87540.2960649601161140.213551539582489X-RAY DIFFRACTION93.3979189092
1.8754-1.90780.2678587656631260.2031779899532532X-RAY DIFFRACTION92.452173913
1.9078-1.94250.2559034725941370.1887613002542538X-RAY DIFFRACTION95.1957295374
1.9425-1.97980.2184858040191410.1757549104562558X-RAY DIFFRACTION94.2388268156
1.9798-2.02020.2059403081951370.1725075059652580X-RAY DIFFRACTION94.6030640669
2.0202-2.06420.2044099197131340.1759788080712591X-RAY DIFFRACTION96.1199294533
2.0642-2.11220.2049697915481300.1729716968312576X-RAY DIFFRACTION95.1476793249
2.1122-2.1650.2181727644751250.1683915808132638X-RAY DIFFRACTION95.9375
2.165-2.22350.2113601790461230.1660288712832626X-RAY DIFFRACTION96.3547143358
2.2235-2.28890.2288136044561510.1669813267172592X-RAY DIFFRACTION96.8573446328
2.2889-2.36280.2168767366491500.1693168926442623X-RAY DIFFRACTION96.8564442892
2.3628-2.44730.2078221077111220.1608968620552653X-RAY DIFFRACTION96.2539021852
2.4473-2.54520.2074905038931480.1650437617092630X-RAY DIFFRACTION96.3913948647
2.5452-2.66110.2023216502441410.1808452087382652X-RAY DIFFRACTION97.0802919708
2.6611-2.80130.2452986277241560.1841619459162680X-RAY DIFFRACTION98.2334603395
2.8013-2.97680.2606418449451570.1926474134192715X-RAY DIFFRACTION99.2055267703
2.9768-3.20660.2397964190371570.1871729988552737X-RAY DIFFRACTION99.7587038952
3.2066-3.52920.2081702778971420.1710442022452762X-RAY DIFFRACTION99.7595328066
3.5292-4.03960.1767776208091580.1471224351682789X-RAY DIFFRACTION99.8306233062
4.0396-5.08820.1590856100371570.1370361011542804X-RAY DIFFRACTION99.8987854251
5.0882-44.2579480390.185823787411490.1660832595722933X-RAY DIFFRACTION98.9723827874

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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