PDB-7chj: crystal structure of pco4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7chj

タイトル

crystal structure of pco4

要素

Plant cysteine oxidase 4

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / oxidase / metal binding / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-cysteine oxidation / detection of hypoxia / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / cellular response to hypoxia / iron ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Guo, Q. / Xu, C. / Liao, S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for cysteine oxidation by plant cysteine oxidases from Arabidopsis thaliana.
著者: Chen, Z. / Guo, Q. / Wu, G. / Wen, J. / Liao, S. / Xu, C.

履歴

登録	2020年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7chj.cif.gz	193.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7chj.ent.gz	153.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7chj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7chj_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7chj_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7chj_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	7chj_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/7chj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/7chj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7chiC 7cxzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6det-d 3r22-d 3wzj-d 6gra-d 3w18-1 3orm-d 6n3n-d 4o6l-1 3ms9-1 5fug-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plant cysteine oxidase 4

B: Plant cysteine oxidase 4

ヘテロ分子

55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Plant cysteine oxidase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Plant cysteine oxidase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.618, 51.701, 82.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Plant cysteine oxidase 4 分子量: 27413.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PCO4, At2g42670, F14N22.6 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9SJI9, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化	温度: 291.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 26972 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1580 / CC_1/2: 0.941

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.44→31.141 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2662	2694	10 %
R_work	0.2054	24258	-
obs	0.2114	26952	81.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.68 Å² / B_iso mean: 40.2225 Å² / B_iso min: 15.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.44→31.141 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3525	0	15	94	3634
B_iso mean	-	-	52.82	33.53	-
残基数	-	-	-	-	451

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.44-2.484	0.3521	77	0.3028	690	44
2.484-2.5318	0.3626	90	0.2718	781	51
2.5318-2.5834	0.3109	100	0.2848	884	56
2.5834-2.6396	0.3132	106	0.2662	986	63
2.6396-2.7009	0.349	98	0.26	1119	69
2.7009-2.7684	0.3317	136	0.2644	1092	73
2.7684-2.8432	0.3793	144	0.2601	1203	76
2.8432-2.9268	0.2554	134	0.2413	1241	80
2.9268-3.0212	0.2848	147	0.2403	1310	83
3.0212-3.1291	0.3322	136	0.2305	1345	85
3.1291-3.2543	0.2545	166	0.2436	1386	90
3.2543-3.4022	0.2765	154	0.2178	1453	93
3.4022-3.5813	0.2841	169	0.2094	1514	96
3.5813-3.8053	0.2927	166	0.1922	1523	98
3.8053-4.0986	0.2538	175	0.1934	1534	99
4.0986-4.5099	0.2295	173	0.1647	1564	100
4.5099-5.16	0.2054	170	0.1564	1584	100
5.16-6.4913	0.2412	169	0.1896	1540	100
6.4913-31.14	0.2272	184	0.179	1509	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1495	0.3296	1.4632	5.0283	-2.2574	4.8932	-0.3303	0.3177	0.1516	-1.1974	0.2351	0.4282	0.1277	-0.1649	-0.0659	0.5323	-0.1027	-0.1057	0.3786	0.0215	0.4066	-10.8725	-25.8298	-37.6646
2	-0.0361	0.4898	0.6235	3.6027	0.1749	2.5691	-0.5854	0.3368	0.0392	-0.7598	0.5654	0.3678	-0.4854	0.2254	0.0193	0.1791	0.0579	-0.02	0.2436	0.053	0.2329	-11.446	12.8388	-14.3186
3	3.0361	1.7026	-0.7688	3.7557	2.5251	6.5681	0.3045	-0.3058	-0.2178	0.2517	-0.1918	0.5171	0.2703	-0.0109	0.0689	0.2588	0.012	-0.0128	0.2833	0.0862	0.3132	-9.088	0.7814	-14.8856
4	6.1394	0.2906	0.4273	3.4973	1.3655	1.1927	0.0981	0.0664	0.0398	0.446	-0.585	0.6092	0.0281	-0.0046	0.1941	0.2758	-0.0369	0.0035	0.2707	-0.0072	0.2104	-12.0467	15.8381	3.4912
5	1.3748	1.0532	1.702	3.4035	-2.9394	4.7206	-0.1052	0.0262	0.2477	0.5539	0.0521	0.7175	-0.381	-0.7384	0.1625	0.2585	0.0428	0.0769	0.293	-0.0532	0.316	-20.6496	6.5305	-4.2127
6	-0.541	-0.545	1.8777	3.3651	-0.0582	0.3534	-0.1221	-0.0017	0.0336	0.5957	-0.2174	-0.0192	0.2241	0.1659	0.1841	0.2508	-0.0833	0.0201	0.2646	-0.0113	0.2588	-13.4589	-2.8785	3.2159
7	1.1835	-0.6401	-1.0983	2.4247	1.3095	2.6198	-0.6073	0.0176	-0.546	-0.1637	0.3656	-0.1288	-0.1903	-0.2569	0.1821	0.2593	0.0409	-0.073	0.3515	0.1022	0.376	-16.5043	-17.7478	3.5383
8	-0.0689	0.3132	-1.4267	3.0197	-2.0639	1.2835	-0.1387	0.0939	-0.1569	0.3878	0.0523	0.0334	0.0709	-0.3472	0.1111	0.2044	-0.0191	-0.0144	0.3081	-0.0096	0.3382	-16.256	-2.9331	-1.9127
9	5.9478	-2.5284	0.4446	9.2312	-0.3232	2.0767	-0.3524	-0.5289	-0.4878	1.2848	0.3039	0.4456	0.1375	-0.0109	-0.0182	0.3212	-0.0633	-0.0094	0.2651	0.0503	0.2814	-12.8975	-22.6926	8.1605
10	1.7061	-0.5911	-0.9551	5.7915	-1.9856	3.6282	0.3098	0.1652	-0.1945	0.9484	0.0707	1.1276	-0.5749	-0.4102	-0.4774	0.391	0.0197	0.1012	0.3809	-0.0724	0.5276	-23.6853	7.2363	1.3069
11	2.952	-0.4727	-1.0413	3.3893	0.9515	1.956	-0.2931	-0.5767	-0.6069	-0.0266	0.1578	0.1346	-0.1173	0.1855	0.1603	0.291	-0.0368	0.0324	0.2948	0.0663	0.2912	-8.6346	-30.0616	-18.0696
12	2.5246	-3.6645	-1.6075	8.1704	1.7489	4.9606	-0.2704	-0.1189	0.0842	0.6261	0.359	0.1584	0.1629	-0.0933	-0.0271	0.2992	-0.0132	-0.0045	0.3161	0.0098	0.37	-5.7006	-18.9975	-15.9894
13	2.4376	-0.1689	-0.0965	4.4656	-1.0198	1.3672	-0.1351	0.1493	-0.1731	-0.8202	0.0303	0.1365	0.1772	-0.0531	0.0448	0.4335	-0.0128	-0.0217	0.294	-0.0302	0.231	-6.119	-29.0231	-32.2377
14	1.9674	0.0804	-0.3774	3.6794	0.1923	0.5018	0.1409	0.0758	-0.0396	-0.7224	-0.0758	-0.0362	-0.0249	0.0751	-0.0404	0.4019	-0.0014	0.0524	0.297	-0.0016	0.2256	-0.962	-15.5922	-34.1007
15	2.167	-0.0244	-0.146	3.9874	-0.2125	2.0027	-0.3072	0.0914	-0.4794	-0.0855	0.1834	0.2235	-0.4143	-0.1189	-0.1393	0.3457	-0.0403	-0.0636	0.428	0.0487	0.4961	-3.5358	-0.7011	-36.0488
16	1.1216	0.6679	0.4657	1.9793	-0.8397	1.2255	-0.1357	0.0092	0.0073	-0.2697	0.1002	-0.2019	0.1949	0.047	-0.0182	0.3376	-0.0119	0.0665	0.274	0.048	0.289	-0.6665	-17.0571	-30.2023
17	4.0586	2.1976	-0.0429	4.9763	-2.138	4.8442	0.6348	1.0654	0.0285	-0.6433	-0.041	1.1511	-0.6077	-1.5929	-0.1094	0.6028	0.1358	-0.0925	0.5218	-0.1159	0.3824	-16.7813	-12.1867	-33.2097
18	4.7058	1.4402	-1.8889	8.1085	0.8602	1.8141	-0.4613	0.1397	0.1248	-0.9805	0.4321	-0.547	-0.2143	0.2495	0.0931	0.4102	0.0412	0.0266	0.3604	0.0564	0.3532	1.7928	4.1202	-37.499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 221 through 241 )	B	221 - 241
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 0 through 15 )	A	0 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 16 through 36 )	A	16 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 37 through 70 )	A	37 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 71 through 89 )	A	71 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 90 through 121 )	A	90 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 122 through 147 )	A	122 - 147
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 148 through 192 )	A	148 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 193 through 220 )	A	193 - 220
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 221 through 241 )	A	221 - 241
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid -1 through 16 )	B	-1 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 17 through 36 )	B	17 - 36
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 37 through 89 )	B	37 - 89
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 90 through 121 )	B	90 - 121
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 122 through 147 )	B	122 - 147
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 148 through 179 )	B	148 - 179
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 180 through 192 )	B	180 - 192
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 193 through 220 )	B	193 - 220

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)