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- PDB-7chi: crystal structure of pco5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7chi
タイトルcrystal structure of pco5
要素Plant cysteine oxidase 5
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / oxidase / metal binding / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-cysteine oxidation / detection of hypoxia / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / cellular response to hypoxia / iron ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine oxygenase/2-aminoethanethiol dioxygenase / PCO_ADO / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Plant cysteine oxidase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Guo, Q. / Xu, C. / Liao, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for cysteine oxidation by plant cysteine oxidases from Arabidopsis thaliana.
著者: Chen, Z. / Guo, Q. / Wu, G. / Wen, J. / Liao, S. / Xu, C.
履歴
登録2020年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plant cysteine oxidase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8342
ポリマ－27,7791
非ポリマー561
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.720, 67.720, 128.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Plant cysteine oxidase 5


分子量: 27778.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PCO5, At3g58670, T20N10.20
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9LXT4, cysteine dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 291.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG20000, 0.1M MES monohydrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 19655 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.4 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 1.625 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1064 / CC1/2: 0.894

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.502→24.717 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2262 1952 9.93 %
Rwork0.1798 17698 -
obs0.1845 19650 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.57 Å2 / Biso mean: 43.3026 Å2 / Biso min: 14.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.502→24.717 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1698 0 1 62 1761
Biso mean--17.31 42.44 -
残基数----220
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5024-2.56490.30151360.25011252
2.5649-2.63420.35691380.23211269
2.6342-2.71160.25641400.22341284
2.7116-2.7990.22621420.20971245
2.799-2.89890.28351390.20781270
2.8989-3.01480.24331420.19821269
3.0148-3.15170.29231410.19531255
3.1517-3.31750.22951390.20531256
3.3175-3.52480.23251430.18971268
3.5248-3.79610.24441440.16251273
3.7961-4.17640.18831340.15811256
4.1764-4.7770.16171360.13041266
4.777-6.00420.18671380.15651272
6.0042-24.7170.21941400.18221263
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02930.1453-0.29951.45540.09190.32230.03660.04350.0338-0.1639-0.1249-0.3339-0.11950.18940.00060.2537-0.00430.06350.2798-0.00480.301953.597927.62544.4627
21.13310.0279-0.25450.97290.46940.68960.1086-0.0728-0.09780.0909-0.09150.00540.0475-0.0176-0.00030.2099-0.01090.04690.1527-0.00050.165440.623222.04259.4766
30.8954-0.31570.24190.530.02760.96850.15140.3602-0.28670.04280.0098-0.05350.2543-0.30190.05710.3145-0.0350.14770.17730.03470.323536.941916.149710.519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 89 )A2 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 192 )A90 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 193 through 242 )A193 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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