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万見
- PDB-7cca: Crystal structure of White Spot Syndrome Virus Thymidylate Syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cca
タイトルCrystal structure of White Spot Syndrome Virus Thymidylate Synthase - ternary complex with Methotrexate and dUMP
要素Thymidylate Synthase
キーワードTRANSFERASE / Thymidylate Synthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能
Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種White spot syndrome virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Panchal, N.V. / Kumar, S. / Shaikh, N. / Vasudevan, D.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR23375/AAQ/3/849/2017 インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Structure analysis of thymidylate synthase from white spot syndrome virus reveals WSSV-specific structural elements.
著者: Panchal, V. / Kumar, S. / Hossain, S.N. / Vasudevan, D.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate Synthase
B: Thymidylate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9126
ポリマ－68,3872
非ポリマー1,5254
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.385, 92.385, 234.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 286 / Label seq-ID: 1 - 286

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.640894, 0.765623, 0.055465), (0.766863, 0.63535, 0.09084), (0.03431, 0.100753, -0.99432)39.524879, -16.842871, -27.72703

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate Synthase / Wsv067


分子量: 34193.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) White spot syndrome virus (isolate Shrimp/China/Tongan/1996) (ウイルス)
株: isolate Shrimp/China/Tongan/1996 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q77J90
#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE


分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.1 M Ammonium tartrate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→45.36 Å / Num. obs: 24626 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3858 / CC1/2: 0.711 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CC8

7cc8


解像度: 2.75→45.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 10.61 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.489 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2278 1268 4.9 %RANDOM
Rwork0.1849 ---
obs0.1869 24626 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 169.72 Å2 / Biso mean: 45.284 Å2 / Biso min: 21.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å2-0 Å2
2--1.09 Å2-0 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4636 0 106 31 4773
Biso mean--76.1 33.08 -
残基数----576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134860
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0174486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.6656573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2961.58810393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.185574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.31621.538260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.83115845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3761536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021076
Refine LS restraints NCS数: 2304 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 6.68 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 93 -
Rwork0.287 1858 -
all-1951 -
obs--98.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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