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- PDB-7cbc: Crystal structure of a de novo designed switch protein caging a h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cbc
タイトルCrystal structure of a de novo designed switch protein caging a hemagglutinin binder
要素De novo designed switch protein caging a hemagglutinin binder (sCageHA267_1S)
キーワードDE NOVO PROTEIN / Artificial biosensor / Six-helical bundle
機能・相同性ETHANOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Lee, H. / Oh, B.-H. / Baker, D.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2018R1A2B3004764 韓国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: De novo design of modular and tunable protein biosensors.
著者: Quijano-Rubio, A. / Yeh, H.W. / Park, J. / Lee, H. / Langan, R.A. / Boyken, S.E. / Lajoie, M.J. / Cao, L. / Chow, C.M. / Miranda, M.C. / Wi, J. / Hong, H.J. / Stewart, L. / Oh, B.H. / Baker, D.
履歴
登録2020年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed switch protein caging a hemagglutinin binder (sCageHA267_1S)
B: De novo designed switch protein caging a hemagglutinin binder (sCageHA267_1S)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5096
ポリマ－72,3252
非ポリマー1844
水5,711317
1
A: De novo designed switch protein caging a hemagglutinin binder (sCageHA267_1S)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2082
ポリマ－36,1621
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: De novo designed switch protein caging a hemagglutinin binder (sCageHA267_1S)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3004
ポリマ－36,1621
非ポリマー1383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.993, 60.127, 71.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 De novo designed switch protein caging a hemagglutinin binder (sCageHA267_1S)


分子量: 36162.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 11% (v/v) ethanol, 0.25 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5)
Temp details: Temperature-sensitive

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 66246 / % possible obs: 78.2 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.04
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Num. unique obs: 48064 / CC1/2: 0.996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→46.094 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.8 / 位相誤差: 28.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 3544 5.36 %
Rwork0.2079 62564 -
obs0.2103 66108 69.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.99 Å2 / Biso mean: 38.1887 Å2 / Biso min: 15.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→46.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5021 0 12 317 5350
Biso mean--31.09 39.66 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9056756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004884
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7833272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9903-2.01750.2706690.269986525
2.0175-2.04630.318580.2603129335
2.0463-2.07690.2952860.243141239
2.0769-2.10930.2496950.2199153644
2.1093-2.14390.2761720.2121165945
2.1439-2.18090.2443960.2204161345
2.1809-2.22050.26681010.2061194054
2.2205-2.26330.23511110.2212210859
2.2633-2.30950.25841460.2228224662
2.3095-2.35970.22511390.2163238768
2.3597-2.41460.34171380.2042253069
2.4146-2.47490.26941540.2078261074
2.4749-2.54180.25081520.1966279577
2.5418-2.61660.22441590.2141273076
2.6166-2.70110.22211650.2181283579
2.7011-2.79760.22871550.2171270675
2.7976-2.90960.26851640.2244297183
2.9096-3.0420.26281840.2364317488
3.042-3.20230.32561820.2264330692
3.2023-3.40290.27851860.2281332993
3.4029-3.66560.25361800.1935333993
3.6656-4.03430.26251830.1813318389
4.0343-4.61760.19011910.1724331392
4.6176-5.81580.26871910.2086345896
5.8158-46.0940.23041870.2139322690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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