PDB-7c65: Crystal structure of thioredoxin m1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c65

タイトル

Crystal structure of thioredoxin m1

要素

Thioredoxin M1, chloroplastic

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Trx m1

機能・相同性

機能・相同性情報

stromule / salicylic acid binding / regulation of carbohydrate metabolic process / negative regulation of catalytic activity / positive regulation of catalytic activity / thylakoid / apoplast / chloroplast envelope / chloroplast stroma / enzyme inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Kurisu, G. / Juniar, L. / Tanaka, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for thioredoxin isoform-based fine-tuning of ferredoxin-thioredoxin reductase activity.
著者: Juniar, L. / Tanaka, H. / Yoshida, K. / Hisabori, T. / Kurisu, G.

履歴

登録	2020年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c65.cif.gz	65.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c65.ent.gz	46.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/7c65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/7c65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bzkC 7c2bC 7c3fC 2pukS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dbq-1 2o85-d 2fch-3 3hhv-d 1xwa-4 1fb0-2 1thx-d 2o89-d 5dbq-2 1m7t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin M1, chloroplastic

ヘテロ分子

12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.004, 64.333, 29.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thioredoxin M1, chloroplastic / AtTrxm1 分子量: 11995.627 Da / 分子数: 1 / 変異: C37S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Cell: chloroplast / 遺伝子: At1g03680, F21B7.28, F21B7_7 / 詳細 (発現宿主): pET23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O48737
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.75 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→26.68 Å / Num. obs: 35880 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 20.98
反射シェル	解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique obs: 5726 / CC_1/2: 0.98 / R_rim(I) all: 0.274 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PUK

2puk

解像度: 1.1→26.68 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1877	-	-
R_work	0.1437	-	-
obs	-	35799	99 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.59 Å² / B_iso mean: 19.1522 Å² / B_iso min: 7.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→26.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	821	0	1	117	939

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.14 Å /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.156	3467	-
obs	-	-	99 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)