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- PDB-2puk: Crystal structure of the binary complex between ferredoxin: thior... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2puk
タイトルCrystal structure of the binary complex between ferredoxin: thioredoxin reductase and thioredoxin m
要素
  • Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain
  • Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
  • Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)
キーワードELECTRON TRANSPORT / Thioredoxin / protein-protein complex / redox / iron-sulfur
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-thioredoxin reductase activity / ferredoxin:thioredoxin reductase / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / protein-disulfide reductase activity / photosynthesis / enzyme activator activity / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...ferredoxin-thioredoxin reductase activity / ferredoxin:thioredoxin reductase / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / protein-disulfide reductase activity / photosynthesis / enzyme activator activity / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic subunit, cyanobacteria-type / Ferredoxin Thioredoxin Reductase / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / SH3 type barrels. - #50 ...Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic subunit, cyanobacteria-type / Ferredoxin Thioredoxin Reductase / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / SH3 type barrels. - #50 / Thioredoxin / Electron transport accessory-like domain superfamily / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / SH3 type barrels. / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Thioredoxin M-type, chloroplastic / Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dai, S. / Friemann, R. / Schurmann, P. / Eklund, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural snapshots along the reaction pathway of ferredoxin-thioredoxin reductase.
著者: Dai, S. / Friemann, R. / Glauser, D.A. / Bourquin, F. / Manieri, W. / Schurmann, P. / Eklund, H.
履歴
登録2007年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain
B: Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
C: Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)
E: Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain
F: Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
G: Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9928
ポリマ－65,2886
非ポリマー7032
水00
1
A: Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain
B: Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
C: Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9964
ポリマ－32,6443
非ポリマー3521
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10670 Å2
2
E: Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain
F: Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
G: Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9964
ポリマ－32,6443
非ポリマー3521
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.952, 42.223, 145.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain


分子量: 12453.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 遺伝子: ftrC / プラスミド: pET-3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q55389
#2: タンパク質 Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / FTR-V / Ferredoxin- thioredoxin reductase subunit A


分子量: 8326.545 Da / 分子数: 2 / Mutation: C40S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 遺伝子: ftrV / プラスミド: pET-3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q55781
#3: タンパク質 Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)


分子量: 11864.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
プラスミド: pET-3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07591
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→145.865 Å / Num. obs: 13477 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3-3.163.50.2912.5667819200.29199.7
3.16-3.353.60.2083.4654218290.20899.9
3.35-3.593.60.1663.9637417610.166100
3.59-3.873.60.1394.7588616280.13999.9
3.87-4.243.60.0937540114870.093100
4.24-4.743.60.0768.5493113580.076100
4.74-5.483.60.079431811970.07100
5.48-6.713.50.06310.6369410420.063100
6.71-9.493.40.05710.227248010.057100
9.49-72.742.90.0696.113374540.06995.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 23.935 / SU ML: 0.424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.518 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 663 4.9 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.237 13469 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.898 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.21 Å20 Å22.01 Å2
2---1.43 Å20 Å2
3----2.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4562 0 16 0 4578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.9826477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0155568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66724.698215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.67115810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7921524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.22131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23120
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3181.52964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.57824678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4831977
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8174.51675
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 46 -
Rwork0.322 888 -
obs-934 99.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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