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万見
- PDB-7c4s: Sphingosine-1-phosphate receptor 3 with a natural ligand. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c4s
タイトルSphingosine-1-phosphate receptor 3 with a natural ligand.
要素
  • Antibody Fab fragment heavy chain
  • Antibody Fab fragment light chain
  • Sphingosine 1-phosphate receptor 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G protein-coupled receptor / Signaling protein / Agonist / natural ligand / lysophospholipid / regulator of immune system and vascular integrity.
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingosine-1-phosphate receptor activity / negative regulation of establishment of endothelial barrier / Lysosphingolipid and LPA receptors / regulation of interleukin-1 beta production / regulation of metabolic process / anatomical structure morphogenesis / Notch signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...sphingosine-1-phosphate receptor activity / negative regulation of establishment of endothelial barrier / Lysosphingolipid and LPA receptors / regulation of interleukin-1 beta production / regulation of metabolic process / anatomical structure morphogenesis / Notch signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / integrin binding / presynapse / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EDG-3 sphingosine 1-phosphate receptor / Sphingosine 1-phosphate receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...EDG-3 sphingosine 1-phosphate receptor / Sphingosine 1-phosphate receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S1P / Sphingosine 1-phosphate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
Model detailsAgonist bound GPCR stabilized by specific antibody Fab fragment
データ登録者Iwata, S. / Maeda, S. / Luo, F. / Nango, E. / hirata, K. / Asada, H.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)P19am0101070 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101079 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19J22636 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02394 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05776 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05777 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H05721 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Endogenous agonist-bound S1PR3 structure reveals determinants of G protein-subtype bias.
著者: Maeda, S. / Shiimura, Y. / Asada, H. / Hirata, K. / Luo, F. / Nango, E. / Tanaka, N. / Toyomoto, M. / Inoue, A. / Aoki, J. / Iwata, S. / Hagiwara, M.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Antibody Fab fragment light chain
H: Antibody Fab fragment heavy chain
A: Sphingosine 1-phosphate receptor 3
K: Antibody Fab fragment light chain
J: Antibody Fab fragment heavy chain
B: Sphingosine 1-phosphate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,3608
ポリマ－178,6016
非ポリマー7592
水00
1
L: Antibody Fab fragment light chain
H: Antibody Fab fragment heavy chain
A: Sphingosine 1-phosphate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6804
ポリマ－89,3013
非ポリマー3791
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area34440 Å2
手法PISA
2
K: Antibody Fab fragment light chain
J: Antibody Fab fragment heavy chain
B: Sphingosine 1-phosphate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6804
ポリマ－89,3013
非ポリマー3791
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area34420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.480, 247.080, 98.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.370, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...
21(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...
12chain H
22chain J
13chain K
23chain L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A14 - 64
121(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A75 - 101
131(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A103 - 136
141(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A140 - 141
151(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A144 - 149
161(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A152 - 222
171(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A224 - 2240
181(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A242 - 306
191(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A308306
1101(chain A and (resid 14 through 64 or resid 75...A308
211(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...B14 - 64
221(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...B75 - 101
231(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...B103 - 136
241(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...B140 - 141
251(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...B14 - 311
261(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...B152 - 222
271(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...B224 - 240
281(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...B242 - 306
291(chain B and (resid 14 through 64 or resid 75...B308
112chain HH1 - 219
212chain JJ1 - 219
113chain KK1 - 214
213chain LL1 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 Antibody Fab fragment light chain


分子量: 23649.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Culture medium of monoclonal hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: MRL/lpr
#2: 抗体 Antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 23338.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Culture medium of monoclonal hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: MRL/lpr
#3: タンパク質 Sphingosine 1-phosphate receptor 3 / S1P receptor 3 / S1P3 / Endothelial differentiation G-protein coupled receptor 3 / Sphingosine 1- ...S1P receptor 3 / S1P3 / Endothelial differentiation G-protein coupled receptor 3 / Sphingosine 1-phosphate receptor Edg-3 / S1P receptor Edg-3


分子量: 42313.336 Da / 分子数: 2 / Mutation: N15Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Sf9 / 遺伝子: S1PR3, EDG3 / プラスミド: pF9A / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99500
#4: 化合物 ChemComp-S1P / (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / sphingosine 1-phosphate / りん酸(2S,3R)-2-アミノ-3-ヒドロキシ-4-オクタデセニル


分子量: 379.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 36% PEG 400, 80 mM Lithium Citrate / PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→43.48 Å / Num. obs: 30984 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 59.872 % / Biso Wilson estimate: 101.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.732 / Rrim(I) all: 0.738 / Χ2: 0.649 / Net I/σ(I): 11.02 / Num. measured all: 1855076 / Scaling rejects: 399
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
3.2-3.3953.4681.2849340.66312.686100
3.39-3.6257.2432.6546160.8613.7871003.754
3.62-3.963.5634.2343140.9312.22999.92.212
3.9-4.2663.2547.2439760.9731.2871.277
4.26-4.7562.68812.2136400.990.7350.729
4.75-5.4561.20116.1132030.9950.5199.90.506
5.45-6.656.13616.6327520.9950.4440.44
6.6-9.0361.52428.6621520.9990.22499.90.222
9.03-43.4864.58651.8313970.9980.13599.10.134

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V2Y, 5XLI

3v2y

5xli


解像度: 3.2→43.48 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 1520 4.91 %
Rwork0.2419 29433 -
obs0.2429 30953 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 182 Å2 / Biso mean: 81.6066 Å2 / Biso min: 48.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→43.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11060 0 50 0 11110
Biso mean--79.44 --
残基数----1428
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2242X-RAY DIFFRACTION8.211TORSIONAL
12B2242X-RAY DIFFRACTION8.211TORSIONAL
21H2005X-RAY DIFFRACTION8.211TORSIONAL
22J2005X-RAY DIFFRACTION8.211TORSIONAL
31K2060X-RAY DIFFRACTION8.211TORSIONAL
32L2060X-RAY DIFFRACTION8.211TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.30.36081370.379126602797100
3.3-3.420.34541370.305826682805100
3.42-3.560.28131380.295126622800100
3.56-3.720.28851390.274726912830100
3.72-3.920.30281390.264926552794100
3.92-4.160.28611290.237926802809100
4.16-4.480.24851330.220127022835100
4.48-4.930.231540.213526542808100
4.93-5.640.23821440.219426732817100
5.65-7.110.30251350.250526852820100
7.11-43.480.21021350.2082703283899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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